Описание генома археи Aeropyrum pernix штамма K1
Аэробная архея Aeropyrum pernix обитает в температурных условиях 70-100oC, нейтральной среде. Эта архея является самой гипер-термофильной, то есть имеющей самую высокую температуру среды обитания, среди аэробных организмов[1]. Микрофотография археи представлена на рисунке 1.
Геном A.pernix состоит одной хромосомы, т.е. из кольцевой двуцепочечной молекулы ДНК. Он описан в записи NC_ 000854.2 базы данных RefSeq. Длина генома – 1669696 пар нуклеотидов. В записи приведена последовательность одной из двух комплементарных цепей ДНК.
Общее число генов в геноме – 1752, из них белки кодируют 1700, остальные кодируют РНК. В геноме найдены плазмиды, то есть небольшие молекулы ДНК, способные реплицироваться автономно.
Описание оперона АТФ-синтазы в геноме A.pernix штамма K1
АТФ-синтаза – белок из многих субъединиц, главная функция которого состоит в синтезе молекул АТФ – источников энергии для всех биохимических процессов.
АТФ-синтаза данной археи относится к типу V.
На рисунке 2 представлены гены ее оперона, они сонаправлены в геном atpB. Эти гены описаны подробнее в таблице 1.
Рис. 2.Окрестность гена atpB (на рисунке в черной рамке) в геноме A.pernix штамм K1. Приведен участок генома с координатами 276838..284839. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Таблица 1.Гены, предположительно, входящие в оперон с геном atpB (их ориентация -1). Предыдущий и следующий гены расположены на прямой цепи (т.е. в ориентации +1), в таблицу они не включены
| Номер гена | Координаты гена в геноме (в формате begin..end) | Идентификатор гена (protein_id) | Продукт гена по данных NCBI (product) | Перевод названия продукта |
| 1 | 282,594..282,902 | NP_147207.2 | V-type ATP synthase subunit F | F-субъединица АТФ-синтазы типа V(VOV1) |
| 2 | 281,976..282,578 | NP_147206.2 | V-type ATP synthase subunit E | E-субъединица АТФ-синтазы типа V(VOV1) |
| 3 | 280,144..281,937 | NP_147205.2 | V-type ATP synthase subunit A | A-субъединица АТФ-синтазы типа V(VOV1) |
| 4 | 278,711..280,102 | NP_147204.2 | V-type ATP synthase subunit B | B-субъединица АТФ-синтазы типа V(VOV1) |
| 5 | 278,016..278,651 | NP_147203.2 | V-type ATP synthase subunit D | D-субъединица АТФ-синтазы типа V(VOV1) |
Источники:
[1][..]the archaeon Aeropyrum pernix, the most thermophilic species among aerobic organisms, growing optimally at 90 degrees C. Virology. 2010 Jul 5;402(2):347-54.