Винная кислота в структуре гипотетического белка (2cx1)

Рис.1. L(+)-tartaric acid (винная кислота).

В структуре гипотетического белка 2cx1 единственный лиганд — винная кислота (tartaric acid, TLA2001). Это двухосновная оксикислота, L(+)-энантиомер. Форма соединения показана на рисунке 1. Тарталат-комплекс белка представлен на рисунке 2. Функция данного белка археи A.pernix — сшивание РНК[1]. Нельзя сказать, является лиганд субстратом или кофактором, так как статьи с подробным исследованием функции самого белка или лиганда найти не удалось.

Рис.2. Структура 2cx1 (выделен лиганд винная кислота).

Описание области контакта с лигандом винной кислотой

Для связывания с белком лиганд образует несколько взаимодействий. Очевидны две водородные связи, образующиеся между кислородом, гидроксильной тартаровой кислоты и NH3⁺-группой лизина (Lys158). Кроме того, взаимодействует OH-группа лиганда с кислородом аспартата (Asp97). Сайт связывания представлен на рисунке 3. Изображение получено из исходного с помощью этого скрипта.

Рис.3. Область взаимодействия с лигандом TLA2001 в структуре 2cx1.

С целью прояснить назначение лиганда и то, как он влияет на положение аминокислотных остатков, сравнили структуру 2cx1 со структурой 2cx0. Это точно такой же белок, только сульфат-комплекс. Наложение белков в сервисе PDBeFold не вывело почти никаких различий в повороте боковых цепей (см. рисунок 4).

Рис.4. Сопоставление структур 2cx1 (темными тонами) и 2cx0 (светлыми тонами) в сервисе PDBeFold.

Источники:

[1]http://sbkb.org/pdbid/2cx1/notebook#functions

← Назад к второму семестру