Совмещение структур белков 2cx1 и 3d79
Для поиска выбран гипотетический белок (hypothetical protein) археи Aeropyrum pernix штамма K1; PDB-код белка: 2cx1. С помощью сервиса PDBeFold найдено 16 сходных структур. Выбранный белок выделен из археи Pyrococcus horikoshii. Эти два организма не принадлежат общим таксонам низкого ранга. Есть вероятность, что найденный белок hypothetical protein PH0734.1 и исходный белок имеют отношение к похожим процессам, ведь обе археи гипертермофильны. Информацию о найденном белке можно посмотреть в таблице 2.
Таблица 1. Данные о сходстве структуры 3d79 и 2cx1. (2cx1 -- входная цепочка)
| Характеристика | Расшифровка | Значение |
| Match | PDB код и цепь белка | 3d79:A |
| Title | название структуры | CRYSTAL STRUCTURE OF HYPOTHETICAL PROTEIN PH0734.1 FROM HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA PYROCOCCUS HORIKOSHII OT3 |
| N_align | число сопоставленных CА атомов во входной цепочке и в найденной | 142 |
| RMSD | среднее квадратичное отклонение позиций атомов | 1.86 |
| %seq | процент совпадающих аминокислотных остатков | 25 |
| N_g | число "гэпов", т.е. участков расхождения полипептидных цепей сравниваемых белков | 8 |
| (Query) %sse | процент сопоставленных элементов вторичной структуры во входной цепи | 88 |
| (Match) %sse | процент сопоставленных элементов вторичной структуры в найденной цепи | 88 |
Наконец, на рисунке 1 представлено изображение участка совмещенных структур. СА-атомы, обозначенные оранжевым цветом, совпадают в пределах 1.5 ангстрем, их 8 штук. Но в таком более-менее регулярном совпадении виден фрагмент цепей с расхождением, "gap". СА-атомы 2cx1 из этого участка цепи, не имеющего аналога у 3d79, показаны красным цветом.
