Компоненты АТФ-синтазы Aeropyrum pernix K1

Таблица 1. Таблица запросов для поиска белков-компонент АТФ-синтазы в Uniprot

Геном или таксон	Строка запроса	Число записей	Комментарии
Aeropyrum pernix K1	organism:"Aeropyrum pernix"	1864	Много лишних белков, полное название огранизма "Aeropyrum pernix (strain ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1)
Aeropyrum pernix K1	organism:"Aeropyrum pernix" AND organism:*K1*	0
Aeropyrum pernix K1	organism:"Aeropyrum pernix (strain ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1)"	1701
Aeropyrum pernix K1	organism:"Aeropyrum pernix (strain ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1)" AND name:"atp"	54	не все являются АТФ-синтазами
Aeropyrum pernix K1	organism:"Aeropyrum pernix (strain ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1)" AND gene:atp*	7	Итоговый результат
Aeropyrum camini	organism:"Aeropyrum camini" AND gene:atp*	7	Итоговый результат

Разные попытки поиска необходимых белков отражены в таблице 1. В итоге найдены семь компонент АТФ-синтазы (рисунок 1). Из них пять более достоверных: они из базы Swissprot.

Структура шести белков выведена из гомологичных (столбец Protein existence). Структура F-субъединицы пред сказана, то есть теоретически выведена из последовательности ДНК и не найдена фактически.

Компоненты синтазы A-F ко-локализованы, то есть кодирующие гены находятся близко в геноме (столбец Gene names, APE_... - локус гена). Гены субъединицы I и P локализованы на расстоянии от них.

Ссылка на fasta-файл с последовательностями белков субъединиц.

Компоненты АТФ-синтазы Aeropyrum camini K1

Окончательный запрос показан в таблице 1. Найдены семь белков (рисунок 2).

Структура пяти субъединиц из семи заключена из гомологии, остальные два белка -- гипотетические (столбец Protein existence). Все гены субъединиц кроме I и P ко-локализованы (столбец Gene names, ACAM_... - локус гена).

Ссылка на fasta-файл с последовательностями белков субъединиц.

Гомологи белка Q9YF38 (VATD_AERPE) V-type ATP synthase subunit D

Для поиска гомологичных последовательностей в других геномах поищем белки по сходной семье (Protein family этого белка -- "V-ATPase D subunit family" [1]). Соответственно, поисковой запрос в Uniprot: family:"V-ATPase D subunit family". По нему найдено 2122 последовательности.

Для поиска белков с известной структурой в PDB был задан такой запрос: family:"V-ATPase D subunit family" AND database:(type:pdb *). Есть только два таких белка, они занесены в итоговый fasta-файл вместе с некоторыми другими гомологами структуры Q9YF38 (VATD_AERPE). Данные об этих белках показаны на рисунке 3.

Изученность протеома археи Aeropyrum pernix K1

Таблица 2. . Сводная таблица протеома Aeropyrum pernix K1. Пояснения в тексте.

	база UniProtKB/SwissProt	база UniProtKB/TrEMBL
всего	367	1334
Evidence at protein level	32	23
Evidence at transcript level	0	1
Inferred from homology	329	128
Predicted	6	1182

В таблице 1 приведены данные по белкам протеома. В базе UniProtKB содержатся структуры, рецензированные экспертом, в TrEMBL же они не рецензированы, то есть менее достоверны.

Некоторые пояснения к таблице:

• Evidence at protein level: есть четкие экспериментальные данные, доказывающие существование и структуру белка (секвенирование по Эдману, четкая идентификация масс-спектрометрией и др.)
• Evidence at transcript level: нет строгих доказательств существования, есть данные по экспрессии
• Inferred by homology: 'выведено из гомологии', то есть существование белка следует из похожих структур у близких видов
• Predicted: 'предсказано', то есть нет вышеперечисленных доказательств

Белков в совершенно достоверной структурой только 3% от общего числа, выведенных из гомологии -- 27%. Много структур с неизвестными доказательствами, но они из нерецензируемой базы данных TrEMBL. Можно сделать вывод, что протеом археи изучен слабо, в основном собран по белкам близких огранизмов.

Источники:

[1]http://www.uniprot.org/uniprot/Q9YF38 "Sequence similarities: Belongs to the V-ATPase D subunit family."

← Назад к второму семестру