Однонуклеотидные полиморфизмы, индели и сборка

Поиск однонуклеотидных полиморфизмов и инделей

В этом практикуме будем работать с картированными на геном ридами из прошлого практикума. Нужно получить спискок однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) и инделей (то есть делеций и инсерций). Для выполнения работы с bcftools необходимы перевести файл в формат .bcf. Были использованы следующие команды:

samtools mpileup -ugf chl_mth.fasta aln_sorted.bam > pr14.bcf — создание файла в формате bcf, опции: -g — расчет сходства генотипов + выдать файл в формате bcf, -u — выдача несжатого bcf, -f — приложение файла с референсной последовательностью

bcftools view -vcg pr14.bcf > pr14.vcf — расчет SNP и инделей

grep 'INDEL;' pr14.vcf | wc -l — подсчет количества инделей

grep 'DP=' pr14.vcf | wc -l — подсчет количества SNP

В итоге нашлось 21 инделей и 94 полиморфизма. Выходной файл формата vcf можно посмотреть по ссылке.

Сборка хлоропласта и митохондрии

Сборка осуществлялась с помощью пакета velvet, использующего алгоритмы с графом Де Брёйне. С помощью двух команд был собран геном.

velveth velveth_dir 32 -fastq out.fastq — создание банка k-меров длиной 32

velvetg velveth_dir -cov_cutoff auto — соединение k-меров с помощью графа в контиги

В таблице показаны десять самых длинных контигов.

Таблица 1. 10 самыx длинных контигов (из файла). Принадлежность определнена с помощью blast.

ID контига	длина	принадлежность
34	445	хлоропласт
18	407	хлоропласт
65	368	хлоропласт
80	351	хлоропласт
309	337	хлоропласт
51	335	хлоропласт
256	317	хлоропласт
76	304	хлоропласт
158	289	хлоропласт

← Назад к третьему семестру