Отчет по EMBOSS

Заданиe 1. Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

Дан фрагмент нуклеотидной последовательноcти. C помощью megablast нужно найти полную последовательность генома бактерии или археи, откуда был взят этот фрагмент. Используем поиск в базе refseq_genomic. Программа выдала совпадение с геномом гипертермофильного симбионта Nanoarchaeum equitans. Исходный фрагмент распологается в геноме в координатах 1145..1444 (рис.1).

Рис.1. Полный геном N.equitans, маркерами 1 и 2 обозначен исходный фрагмент.

Как видно, фрагмент 1-2 находится внутри кодирующего участка. А именно, этот участок кодирует белок NP_963296.1 с неизвестной функцией:

CDS:	NP_963296.1
Title:	hypothetical protein
Comment:	COG1201: Lhr-like helicases; IPR001410: DEAD/DEAH box helicase; IPR001472: Bipartite nuclear 
		localization signal; IPR001650: Helicase C-terminal domain; IPR003593: AAA ATPase superfamily
Location:	883..2,691

Заданиe 2. Поиск гомолога белка человека в слоне

Будем рассматривать аннотированные (SwissProt) белки человека, AC которых начинается с букв "BE". Для того, чтобы найти их, использовалась такая команда: infoseq sw:be*_human -only -name -desc -out file_name.txt.

Возьмем белок BECN1_HUMAN. Beclin-1 играет важную роль в аутофагии, участвует в защите организма от вирусов. С помощью программы seqret получена последовательность белка.

Теперь нужно найти гомологов этого белка у довольно близкого в эволюции организма — африканского слона Loxodonta africana. С помощью сервиса сайта ENA spliced translated nucleotide search были получены следующие результаты:

Рис.1. Гомологи белка человека BECN1_HUMAN среди белков L.africana, найденные нуклетидным поиском на ENA. Лучшая находка выделена прямоугольником.

Как известно, у лучших находок значение E-value самое маленькое. Так что более достоверной находкой можно признать третью из представленных. Ее длина выравнивания 1401, identity 78%, e-value 7E-258, координаты в геноме слона 24402367-24403784, интронов нет.

Заданиe 3. Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

В этом задании будет рассматриваться нуклеотидная последовательность одной из молекул тРНК археи Aeropyrum pernix. Необходимо найти гомологов этой тРНК среди белков организмов того же порядка (Desulfurococcales). Это можно сделать тремя способами:

1. алгоритмом megablast;

2. алгоритмом blastn с параметрами по умолчанию;

3. алгоритмом blastn с длиной затравки 7, match/mismatch scores 1/-1(максимально чувствительные параметры, доступные на сайте)

Результаты отражены в таблице:

"Затравка" — длина участка, который инициирует выравнивание с какой-то последовательностью. В общем, результаты предсказуемы, ведь чем короче длина инциирующего участка и меньше штраф за совпадение/несовпадение аминокислот, тем больше найдется подходящих последовательностей.

← Назад к третьему семестру