Поиск последовательности Шайна-Дальгарно в геноме археи Aeropyrum pernix штамма K1

Целью этого практикума был поиск последовательностей Шайна-Дальгарно — сайта связывания рибосом на молекуле мРНК прокариот — в геноме археи Aeropyrum pernix штамма K1. Для работы скачали последовательность генома археи с FTP-сервера NCBI. По хромосомной таблице узнали координаты начала 100 генов и составили координаты участков, предположительно включающих последовательности Шайн-Дальгарно (от -34 до 1). Затем, с помощью программы seqret пакета EMBOSS (seqret @coords.txt newseq.fasta) были получены сами последовательности.

Затем запустили MEME (ememe newsequences360.fasta -mod zoops -minw 6 -maxw 14) и получился logo (рисунок 1) консервативного участка, предположительно содержащего последовательность Шайна-Дальгарно. Найденные мотивы находятся на расстоянии 3-8 нуклеотидов от начала генов. Мотив содержится в 31 последовательности.

Рис. 1. Logo для генов 360-460 (по порядку в файле с геномом). Пробовала запускать MEME с другими генами и в другом количестве, для этих был лучший logo и больший процент последовательностей, содержащих мотив. p-value = 1.02e-04

Найденный мотив не совпадает с каноноческим (AGGAGG), он должен быть короче и более зафиксирован по позициям относительно начала гена. Но все же сходные нуклеотиды есть и мотив находится примерно на верном расстоянии от гена.

HTML-выдача программы MEME — здесь

HTML-выдача программы MAST — здесь

← Назад к четвертому семестру