Укоренение и бутстрэп

Заданиe 1. Укоренение в среднюю точку

В данном задании используем дерево, построенное по последовательностям рибосомного белка S2 разных бактерий (см. практикум 1) методом Neighbor-Joining using % identity. Нужно укоренить это дерево в среднюю точку, то есть в самую длинную ветвь. После укоренения исходное дерево не изменилось никак (рис.1), так что, наверное, такое укоренение можно считать правильным.

Рис. 1. Укорененное в среднюю точку дерево.

Заданиe 2. Использование внешней группы

В качестве внешней группы было решено использовать этот же белок E.coli. Её последовательность добавили ко всем предыдущим и выровняли с помощью Muscle (рис.2). Её последовательность была добавлена в выравнивание, оставлена только мнемоника. В MEGA были произведены следующие действия: Subtree --> Root --> Указана ветвь к ECOLI --> Show subtree separately.

Рис. 2. Фрагмент выравнивания.

Рис. 3. Дерево до применения внешней группы.

Рис. 4. Дерево после применения внешней группы.

Заданиe 3. Применение бутстрэпа

Видно, что построенные с применением бутстрэп-метода деревья не отличаются от эталонного, показанного на рисунке 1.

Рис. 5. Original дерево.

Рис. 6. Bootstrap консенсусное дерево.

← Назад к четвертому семестру