Геномное окружение. База данных STRING

В этом практикуме будет рассматриваться гипотетический белок археи Aeropyrum pernix неизвестной функции с локусом гена APE_0525.1.

Заданиe 1. Граф взаимодействий

Судя по графу (рис. 1), рассматриваемый белок A.pernix взаимодействует в клетке с пятью другими белками. Пептид локуса APE_1629 является фактором инициации трансляции, как и белок tfe. rpoN — N субъединица РНК-полимеразы, APE_0525a — часть малого ядерного РНК-белкового комплекса, составляющего сплайсосому. rpl37e — рибосомный белок 50S субъединицы. Цвет соединяющих прямых показывает, как именно они связаны с рассматриваемым белком.

Рис. 1. Граф взаимодействий APE_0525.1.

Зеленая прямая означает соседство локусов кодирующих генов;
синяя — совместная встречаемость белков;
черная — совместная экспрессия генов;
фиолетовая — экспериментальные доказательства взаимодействий;
голубой — упоминание о взаимодействии в базах данных;
салатовый — совместное упоминания в статьях (разделах abstract).

Заданиe 2. Геномное окружение

Рис. 2. Геномное окружение APE_0525.1 в точности до филума.

Ссылка на полное дерево

Заданиe 3. Совместная встречаемость

Рис. 3. Совместная встречаемость APE_0525.1 в точности до филума. Целостность квадрата соответсвует % покрытия выравнивания.

Рис. 3. Легенда к квадратам на рисунке 3.

Обсуждение

Оказалось, что рассматриваемый белок есть в базе, и отсутствует необходимость поиска через гомологов.

Из геномного окружения можно предположить оперон, состоящий из белка рибосомы rpl37e, часть мяРНП APE_0525a и рассматриваемого белка APE_0525.1 с неизвестной функцией. Встречается этот предполагаемый оперон у редких видов архей, в большинстве -- термофильных. Достоверность такого оперона, по-моему, мала, ведь белки выполняют совершенно разные функции, причем не регуляторные.

В целом, все взаимодействующие белки совершенно разные, но относятся к процессу экспрессии: транскрипции и трансляции. В том числе, есть один, регулирующий транскрипию. Можно предположить, что рассматриваемый белок тоже относится к экспресии в клетке.

← Назад к четвертому семестру