Построение поверхности
Изображение участка поверхности в 1BDH
1BDH — комплекс димера пуринового репрессора с ДНК. Построили разные поверхности для 1BDH (рис. 1-3).
Рис. 1. Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером.
Рис. 2. Поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК.
Рис. 3. Поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК.
Анализ поверхностей с помощью CluD
С помощью сервиса CluD в этой же структуре нашли гидрофобные кластеры объемом более 9 атомов. Подходящим оказался порог 4.5 Å. Из них отобрали 8 кластеров, которые находятся на стыке поверхностей мономеров (рис. 4, розовым).
Рис. 4. Рис. 4. Поверхность контакта между мономерами белка. Атомы гидрофобных кластеров из CluD розового цвета.