Структурная классификация
4O0I — ДНК полимераза I Bacillus stearothermophilus. С помощью разных сервисов нашли домены, которые содержатся в структуре (табл. 1).
Таблица 1. Домены в 4O0I, найденные разными БД.
| База данных структурных классификаций | Количество доменов | Название домена | Описание домена | Координаты (цепь А) |
|---|---|---|---|---|
| SCOPe | 3 | d4o0ia1 | Ribonuclease H-like motif | 298-468 |
| d4o0ia2 | DNA polymerase I | 469-876 | ||
| d4o0ia3 | N-terminal Tag {Synthetic} | 297-297 | ||
| ECOD | 4 | e4o0iA2 | Ribonuclease H-like motif | 298-468 |
| e4o0iA1 | "fingers" domain in bacteriophage RB69-like DNA polymerase I | 469-643 | ||
| e4o0iA3 | Adenylyl and guanylyl cyclase catalytic domain-like | 644-668, 793-876 | ||
| e4o0iA4 | helical bundle in Bacillus stearothermophilus-like DNA polymerase I | 669-792 | ||
| CATH | 4 | 4o0iA01 | Nucleotidyltransferase, domain 5 | 297-490 |
| 4o0iA02 | Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 | 491-605 | ||
| 4o0iA03 | Alpha-Beta Plait | 606-656, 801-875 | ||
| 4o0iA04 | 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain | 657-800 | ||
| Pfam | 1 | DNA_pol_A | - | 202-578 |
Все сервисы нашли ДНК-полимеразный домен. Причем CATH разделил его на три домена: собственно полимеразный, 5' to 3' экзонуклеазный и Alpha-Beta Plait (коса), который назван не по функции, а по топологии. ECOD тоже разделил полимеразный домен 469-876 на три домена: "fingers" domain (видимо, отвечает за связывание ДНК), похожий на аденилат- и гуанилатциаклазный каталитический домен и "пучок спиралей", который свойственен полимеразе I этого организма. SCOPe и ECOD также нашли домен, похожий на рибонуклеазный мотив (Ribonuclease H-like motif).