Поиск в PDB
1a
Искали все оксидоредуктазы дикого типа у птиц c разрешением структуры 2-2.5 Å.
Поисковый запрос в PDB выглядел так: TaxonomyTree Search for Aves (birds) and Enzyme Classification Search : EC=1 and Percent Sequence Alignment Search : PDB can contain Expression Tag sequence = Yes , and Resolution is between 2.0 and 2.5
Нашлось 25 белков. Скачали Excel-таблицу, содержащую данные о найденных структурах (Reports -> Custom Reports -> Customizable Table):
название структуры (Structure Summary: Structure Title)
массу структуры (Structure Summary: Structure Molecular Weight)
разрешение (Structure Summary: Resolution)
классификация и функция (Biological Details: Source, Molecular Function)
главная публикация (Primary Citation: PubMed ID, Publication Year).
В таблице 49 строк, потому что информация про каждую цепь записалась в отдельную строку.
1b
Последовательности всех 25 структур, удовлетворяющие критериям (архив). Download: sequences: Single FASTA File, gzipped.
1c
Все 25 структур, удовлетворяющие критериям (архив). Download: Coordinates & Experimental Data: PDB, uncompressed.