Расчет вторичной структуры
Определение вторичной структуры ACVR1 киназы человека
Структура с идентификатором 4BGG была загружена в DSSP. Результат работы программы. Сравнили границы нескольких элементов вторичной структуры (табл. 1) c обозначенными в PDB. Они точно совпали, за исключением первой спирали: в DSSP она немного короче.
Таблица 1. Сравнение границ четырёх элементов вторичной структуры на странице PDB и выдаче программы DSSP. В выдаче DSSP нумерация остатков немного сдвинута: надо смотреть на номера во втором столбце.
| Тип вторичной структуры | Границы по данным PDB | Границы по данным DSSP |
|---|---|---|
| альфа-спираль | 242-254 | 242-250 |
| альфа-спираль | 396-415 | 396-415 |
| бета-тяж | 209-216 | 209-216 |
| бета-тяж | 265-272 | 265-272 |
Построение карты бета-листов
Программа SheeP не работает :(