Выравнивание последовательностей

Глобальное и локальное парное выравнивание гомологичных белков

Результаты глобального выравнивания приведены в таблице 1. Рекомендованное имя последнего белка отличалось у Bacillus subtilis (strain 168): Penicillin-binding protein 1A/1B (в таблице приведено для Escherichia coli (strain K12)).

Таблица 1: Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
Таблица 1


Таблица 2: Локальное парное выравнивание гомологичных белков
Рисунок 2

Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Выбранные белки: NAPA_ECOLI (Periplasmic nitrate reductase) из Escherichia coli (strain K12) и EFEB_BACSU (Deferrochelatase) из Bacillus subtilis (strain 168).

Таблица 3: Глобальное парное выравнивание неродственных белков
Рисунок 2


Таблица 4: Локальное парное выравнивание неродственных белков
Рисунок 2

Данные выравнивания имеют показатель идентичности, сопоставимый с таковым у гомологичных белков, однако вес выравниваний очень низкий.

Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Выбранная мнемоника - HIS8 (Histidinol-phosphate aminotransferase). По запросу (id:his_*) в Swiss-Prot нашлось 420 белков. Я решила выбрать максимально неродственные бактерии – все 7 организмов находятся в разных систематических группах (следующего ранга после Bacteria):
HIS8_CLONN - Clostridium novyi (strain NT): группа Clostridia
HIS8_THEMA - Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826/ MSB8) ): группа Thermotogota
HIS8_DESVH - Desulfovibrio vulgaris (strain ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough) ): группа Thermodesulfobacteriota
HIS8_ANADF - Anaeromyxobacter sp. (strain Fw109-5) ): группа Myxococcota
HIS8_CAMC1 - Campylobacter concisus (strain 13826) ): группа Campylobacterota
HIS8_ECOLI - Escherichia coli (strain K12): группа Pseudomonadota
HIS8_BACSU - Bacillus subtilis (strain 168): группа Bacillota
Множественное выравнивание было получено с помощью запроса на сайте UniProt: HIS8_ECOLI or HIS8_BACSU or HIS8_CLONN or HIS8_THEMA or HIS8_DESVH or HIS8_ANADF or HIS8_CAMC1

Результаты выравнивания:
Консервативные участки присутствуют (например, 45-49, 103-110, 179-184, 205-211, 238-253, 367-371), однако они имеют небольшую длину и между ними разное количество гэпов во всех белках. Сложно выделить наиболее схожие или резко отличающиеся белки. Это можно было предположить, так как среди групп, к которым принадлежат бактерии, нет более родственных пар/троек и тп.