Практикум 7

Выбор белка

Рассматриваемая бактерия - Tenacibaculum finnmarkense. Я решила найти гидролазы, которые учавствуют в метаболизме данного организма. Для этого с помощью расширенного поиска на сайте UniProt в поле Taxonomy [OC] ввела видовое название бактерии, а в поле All – «hydrolase».

По данному запросу нашлось 552 результата, 2 из которых лучше всего аннотированы (Annotation score: 4/5). Это белок кинурениназа: из Tenacibaculum finnmarkense и Tenacibaculum finnmarkense genomovar ulcerans (один из геномоваров рассматриваемой бактерии).
Я выбрала первый белок Kynureninase (A0A2I2MA64_9FLAO).

Информация о белке

Кинурениназа катализирует реакцию расщепления L-кинуренина на антраниловую кислоту и аланин:
L-kynurenine + H₂O = anthranilic acid + L-alanine + H⁺
И реакцию расщепления L-3-гидроксикинуренина на 3-гидроксиантраниловую кислоту и аланин:
L-3-hydroxykynurenine + H₂O = 3-hydroxyanthranilic acid + L-alanine + H⁺

Функционирует в виде гомодимера, использует пиридоксальфосфат в качестве кофактора.
EC: 3.7.1.3
Ген: kynU

Поисковые запросы

1. С помощью данного запроса я хотела узнать, встречается ли кинурениназа у человека и, если встречается, то насколько подробно исследован данный фермент:
(protein_name:Kynureninase) AND (taxonomy_id:9606)
Количество результатов: 9, причем у одного белка Annotation score: 5/5. Следовательно, кинурениназа есть у человека, и данный фермент хорошо аннотирован, существование подтверждено на белковом уровне.

2. С помощью данных запросов я хотела узнать, насколько распространены ферменты из того же подкласса и подподкласса (EC: 3.7.1), что и кинурениназа, в организмах семейства Flavobacteriaceae:
2.1 (ec:3.7.1) AND (taxonomy_id:49546)
Количество результатов: 1828 – число ферментов EC: 3.7.1 (гидролазы, действующие на C-C связи в кетоновых веществах) бактерий семейства Flavobacteriaceae.
2.2 (taxonomy_id:49546) AND (cc_function:enzyme)
Количество результатов: 24 548 – число всех ферментов бактерий семейства Flavobacteriaceae.
Следовательно, среди всех записей последовательностей ферментов данного семейства ферменты с интересующей функцией составляют примерно 7,45%.

3. С помощью данного запроса я хотела узнать, для какого количеcтва белков, кодируемых геном kynU установлена 3d-структура:
(structure_3d:true) AND (gene:kynU)
Количество результатов: 2. Это кинурениназа человека и бактерии Pseudomonas fluorescens.