Jolos, pr2

1. Получение структур ДНК разных форм

С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены структуры A-, B- и Z-форм ДНК. файлы можно скачать по ссылкам:

2. Анализ структуры ДНК

Для выполнения этого задания была выбрана B-форма ДНК, заданное основание – цитозин.

Рисунок 1 — Рис.1. Фрагмент экспериментально полученной структуры B-формы ДНК. Синим, зеленым, красным и оранжевым выделен фрагмент, содержащий цитидин фосфат. Можно увидеть атомы цитозина, обращенные в сторону большой и малой бороздок.

Рисунок 2 — Рис.2. Фрагмент экспериментально полученной структуры B-формы ДНК с другого ракурса. Можно увидеть структуру цитозина и расположение атомов.

Номера атомов цитозин, обращенных в сторону разных бороздок:
В сторону большой бороздки: С21.C4, С21.N4, С21.C5, С21.C6
В сторону малой бороздки: С21.N1, С21.C2, С21.O2, С21.N3

Рисунок 3 — Рис.3. Цитозин. Красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.

3. Анализ структуры тРНК

Рисунок 7 — Рис.7. Торсионные углы тРНК 1f7u.

Тяжи структуры 1f7u больше всего похожи на A-форму ДНК.

Из файла 1F7U_old.out была получена информация о тРНК, указанная ниже (а также значения торсионных углов)

Номера нуклеотидов, образующих стебли:
901-907 (компл: 972-966)
949-953 (компл: 965-961)
939-944 (компл: 931-926)
910-913 (компл: 925-922)

Рисунок 8 — Рис.8. Нуклеотиды, образующие стебли во вторичной структуре тРНК.

Неканонических пар 9:
901P-972A, 905U-968G, 954t-958a, 955P-917G, 943A-927P, 944A-936g, 913C-922C, 914A-908U, 915A-948U.

Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру:
954t-958a
955P-917G
914A-908U
915A-948U
918G-956C

Стекинг-взаимодействия

Пары с наибольшими значениями в столбце sum (большая площадь перекрывания):
Step 12: Gt/aC (sum 13.34)
Step 13: tP/Ga (sum 13.77)
С помощью stack2img были построены изображения этих взаимодействий (см. рис. 9, 10).