1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

С помощью программы einverted из пакета EMBOSS были найдены комплементарные участки в последовательности 1F7U: только акцепторный стебель (см. таблицу 1).

Таблица 1. Сравнение предсказаний вторичной структуры тРНК.
Таблица 1

По алгоритму Зукера была предсказана структура, сильно отличающаяся от результата find_pair (см. рис.1). Также по этому алгоритму на веб-сервере (RNAfold WebServer) были получены 2 структуры (см. рис. 2,3). Вторая из них (MFE, структура с минимальной свободной энергией) уже больше напоминала структуру, созданную find_pair (см. табл.1)

Рис. 1. Вторичная структура тРНК 1F7U, предсказанная алгоритмом Зукера.
Рис. 2. Centroid secondary structure
Рис. 3. MFE secondary structure

2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Скрипт в JMol (с выделением 3х групп атомов).

Скрипт в JMol (дает последовательное изображение всей структуры только ДНК в проволочной модели с выделенными множествами).

Таблица 2. Предсказанные контакты белка с разными участками ДНК.
Таблица 1

С помощью nucplot было получено изображение контактов ДНК-белок.

Рис. 4. Схема, полученная с помощью nucplot.

Аминокислотный остаток с наибольшим числом контактов - Arg84 (2 контакта с остатками фосфорной кислоты).

Рисунок 5
Рис. 5. Аминокислота Arg84 с самым большим количеством контактов (справа видны контакты с ДНК).

Arg69 наиболее важный для распознавания последовательности ДНК, так как он взаимодействует именно с азотистым основанием (гуанином).

Рисунок 5
Рис. 6. Связь Arg69 с гуанином.