Краткое описание генома вируса <Ceratocystis resinifera virus 1>

Краткое описание генома вируса Ceratocystis resinifera virus 1.

 
Отряд: dsRNA
Порядок: Unassigned
Семейство: Partitviridae
Род: Betapartitivirus
Вид: Ceratocystis resinifera virus 1

Для семейства вирусов Partitiviridae грибы и растения служат естественными хозяевами. Вирусы Partitiviridae непокрыты мембраной, обладают икосаэдрической формой и Т=1 симметрией. Их диаметр составляет около 35-40 нанометров. Partitiviruses состоят из двухцепочной РНК, разделенной на два геномных сегмента, и могут иметь дополнительные субгеномные сегменты. Геномные сегменты упакованы в такую же вирусную частицу, большой сегмент кодирует РНК-зависимую РНК полимеразы, а маленький сегмент кодирует белок для оболочки. Геномы являются линейными, размером около 1.4-3.0 Кб в длину. Геном кодирует два белка. Вирусная репликация является цитоплазматической. Чтобы проникнуть в клетку хозяина, вирус её пробивает. Затем идёт репликация и транскрипция двухцепочной РНК вируса. Вирус выходит из клетки хозяина с помощью движений из одной клетки в другую [1] .

В таблице 1 приведены некоторые важные количественные и качественные показатели, характеризующие вид Ceratocystis resinifera virus 1.

Таблица 1. Основные параметры генома вируса Ceratocystis resinifera virus 1.

Параметр	Значение
Латинское название вируса	Ceratocystis resinifera virus 1
Русское название вируса	Цератоцистис смолоносный
Количество фрагментов в полном геноме	2
Общая длина генома (п.н.)	4392
Количество кодируемых в геноме белков	2

Название последовательности из одного белка: YP_001936015.1

Описание последовательности: оболочка белка(coat protein)

 >gi|189022231|ref|YP_001936015.1| coat protein [Ceratocystis resinifera virus 1]
 MSHDARDLQSEARQEARPSGLQPESPSLEPLGLNDPAARTKTGTSTGHGLTAPHAGTRSLGLPSKGEASL
 STEASSLARDIDLGRNCSRSAGERPFLVQVVPDSRFACYVFTEYVQQNYSKFDVESSSMVSPATVVGYLM
 YCFHAFIFLTDVYSSSTMSAYAEEIDASHIMRKLIDIFSNCFVPDIVFSVLDALHPHKLDVRTTVSLFPS
 YGSVLFEFDAPRLIPPSIFLLAHNQLLTQTKIPNSYKSWLMQTCVTYQDVEFRVGNIIGGLYQIVLGHTT
 ETFQYKTWLLRSLARLADSATHRTHLKRNAVTEIEFSPPVFTDKNFNPYTYMLMLSPSSRTTTTSFLTAL
 SSSCQKYLNATRSLSSILATRSGSITRHMIFDLTAPTANSHTLTDLDETSVLKPGNFTNFCKAVGFCPPQ
 VNPLPKKITLPYPPGVEAHPSLYLVTETDAESPLKPILPSYEDHVEGQILLFDPYDDEPSAHFSTLISGK
 LIENGNVDGITIFLPSPSSSIAAVNSRNLQGAIPMSRIQPSFDVMNFQQSPRSHAPPNRMFTMSVLYDAA
 NIWLPYFNRTMYSALPILPYTANRNADGLIPSTNLVVTSSKTVSSSSSSPDVNLWWSYRYQPTNERPTTH
 TVYMYATLEPFFGSRSSYLQSYQLQVLLPIS

1 семестр

Источники:

[1] Семейство Partitiviridae, Wikipedia