Практикум 9 Изображение выравниваний
Задание 1. Было построено множественное выравнивание шести последовательностей с помощью программы JalView.
Задание 2. Чтобы найти лишнюю последовательность, выравнивание было раскрашено по схеме BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%. О гомологичности судят по сходству последовательностей. Было создано 6 новых выравниваний, в каждом их которых одна из последовательностей была удалена. Число консервативных остатков больше всего при удалении последовательности с идентификатором D5WMQ6_BURSC. Значит она меньше всего сходна с остальными последовательностями и не гомологична им. Эта последовательность была удалена. Пустые колонки, которые образовались после удаления последовательности, были удалены.
Рис. 1. Изображение выравнивания, полученного в задании 2, в раскраске BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%. Ссылки:
© Кузнецова Ксения, 2015