Практикум 7 Uniprot and Refseq protein
Информация о белке Metallophosphoesterase:
| Uniprot ID | A3DJ38_CLOTH |
| Uniprot AC | A3DJ38 |
| Refseq ID | WP_020457916.1; NC_009012.1 |
| PDB ID | 4DRF |
| Длина | 870 AA |
| Молеклярная масса | 98776 MW |
| Рекомендуемое Uniprot название | Metallophosphoesterase |
Комментарии: Unreviewed. Структура известна для 16 гомологов. Структура представлена 4 цепями. Ген, кодирующий белок, находится в локусе Cthe_2768. Классификация организма по Uniprot: Bacteria › Firmicutes › Clostridia › Clostridiales › Ruminococcaceae › Ruminiclostridium › Ruminiclostridium thermocellum.
Кластеры
Для данного белка существуют три кластера: UniRef100, UniRef90, UniRef50. В одну запись UniRef100 попадают идентичные последовательности и фрагменты с 11 и более аминокислотными остатками из различных организмов. К записи UniRef90 относят последовательности, идентичные хотя бы на 90% и на 80% совпадающие с самой длинной последовательностью. А в запись UniRef50 попадают последовательности, идентичные друг другу на 50 и более %, и хотя бы на 80% совпадающие с самой длинной последовательностью.
| Идентификатор кластера | Количество белков в кластере | Длина | Организм |
| UniRef100_A3DJ38 | 1 | 870 | Clostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237) (Ruminiclostridium thermocellum) |
| UniRef90_A3DJ38 | 3 | 870 | 3 организма: Clostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237) (Ruminiclostridium thermocellum); Ruminiclostridium thermocellum AD2; [Clostridium] straminisolvens JCM 21531 |
| UniRef50_A3DJ38 | 20 | 870 | много организмов |
Из таблицы видно, что для всех кластеров длина одинакова - 870, но для кластеров с высоким процентом сходства (90, 100) найдено мало белков (3 и 1), причем для класстера, который имеет сходство с исследуемым белком 90% найдено 3 белка у 3х организмов. Для кластера с 50% сходства найдено намного больше белков (20), которые представленны у разных организмов.
Сеансы поиска в Uniprot:
| Запрос | Всего найденных белков | Reviewed |
| name:Metallophosphoesterase | 16 166 | 42 |
| taxonomy:Ruminococcaceae name:Metallophosphoesterase | 121 | 0 |
| taxonomy:Firmicutes name:Metallophosphoesterase | 3 243 | 6 |
| name:hemoglobin | 8 374 | 944 |
| name:hemoglobin taxonomy:viridiplantae | 144 | 25 |
| name:hemoglobin taxonomy:metazoa | 3 357 | 838 |
| name:trypsin | 11 159 | 301 |
| name:trypsin NOT name:inhibitor | 8 601 | 98 |
Ссылки:
© Кузнецова Ксения, 2015