Что такое филогенетическое дерево

Отобранные бактерии
Название Мнемоника
Finegoldia magna FINM2
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus LACDA
Lactobacillus acidophilus LACAC
Enterococcus faecalis ENTFM
Lactococcus lactis subsp. cremoris LACLM
Streptococcus pyogenes serotype M1 STRP1
Streptococcus pneumoniae serotype 4 STRPN

Скобочная формула дерева

(FINM2,((LACDA,LACAC),(ENTFM,(LACLM,(STRP1,STRPN)))));

Изображение дерева

Ветви дерева

Дерево содержит 4 нетривиальные ветви:

1) (FINM2,LACDA,LACAC) против (ENTFM,LACLM,STRP1,STRPN)

2) (LACDA,LACAC) против (FINM2,ENTFM,LACLM,STRP1,STRPN)

3) (FINM2,LACDA,LACAC,ENTFM,LACLM) против (STRP1,STRPN)

4) (FINM2,LACDA,LACAC,ENTFM) против (LACLM,STRP1,STRPN)

Реконструкция филогении

Пользуясь таксономическим сервисом NCBI , я определила к каким таксонам относятся приведенные выше бактерии.

Таксономия бактерий
Мнемоника Тип Класс Порядок Семейство Род Вид Подвид
FINM2 Firmicutes Tissierellia Tissierellales Peptoniphilaceae Finegoldia Finegoldia magna
LACDA Firmicutes Bacilli Lactobacillales Lactobacillaceae Lactobacillus Lactobacillus delbrueckii Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus
LACAC Firmicutes Bacilli Lactobacillales Lactobacillaceae Lactobacillus Lactobacillus acidophilus
ENTFMFirmicutesBacilliLactobacillalesEnterococcaceaeEnterococcusEnterococcus faecalis
LACLM FirmicutesBacilliLactobacillalesStreptococcaceae Lactococcus Lactococcus lactis Lactococcus lactis subsp. cremoris
STRP1FirmicutesBacilliLactobacillalesStreptococcaceae Streptococcus Streptococcus pyogenes Streptococcus pyogenes serotype M1
STRPN FirmicutesBacilliLactobacillalesStreptococcaceae Streptococcus Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae serotype 4 данный подвид отсутствует в NCBI

Я подписала нетривиальные ветви, выделяющие некоторые таксоны на рисунке ниже.

Ссылки:

На главную

© Кузнецова Ксения, 2015