Укоренение и бутстрэп
Укоренеие в среднюю точку
Я выбрала функцию с мнемоникой RF1 (фактор высвобождения пептидной цепи 1) для реконструкции филогенетического дерева в прошлом задании. С помощью Jalview я построила выравнивание бактерий, выбранных в прошлом практикуме, программой Muscle. С помощью программы Mega я построила дерево методом Neighbor-Joining using % identity. Чтобы укоренить его в среднюю точку я использовала программу retree пакета PHYLIP с диска S.
Ниже представлено дерево полученное после укоренения программой retree. Дерево укоренилось в ветвь {FINM2} против {STRPN,STRP1,LACLM,ENTFA,LACAC,LACDA}. Укоренение дерева видимо правильное, так как не изменилось по отношению к исходному.
Ниже представлено дерево построеное программой Mega после выравнивания Jalview. Дерево неукорененное т. к. Mega не укореняет деревья, которые выровнены в Jalview.
Ссылки:
© Кузнецова Ксения, 2015