Мембранные белки

1. База данных OPM

Мне был выдан белок с идентификатором 4u9n_B (Magnesium ion transporter-E (MgtE)). Полученные с помощью базы ОРМ и JMOL данные представлены ниже в таблице. ОРМ - база данных, которая содержит предсказания о положении белков относительно мембраны. С помощью поиска по уровням классификации я нашла белок 3ohn, в трансмембранной части которого бетта-тяжи а не альфа-спирали.

Белок	Толщину гидрофобной части мембраны	Координаты трансмембранных спиралей	Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали (или одном бетта-тяже) белка	Мембрана в которой находится белок	Изображение (синим цветом показана внутренняя сторона мембраны - n, а красным - внешняя - p)
4u9n_B	31,8А	284 - 306, 316- 337, 352- 381, 386- 409, 421- 443	23	внутренняя мембрана Грам-отрицательной бактерии
3ohn (Outer membrane usher protein FimD)	21,2A	141- 150, 162- 172, 175- 183, 198- 207, 215- 220, 235- 242, 329- 337, 350- 357, 363- 371, 377- 384, 392- 397, 413- 420, 429- 435, 483- 490, 498- 504, 516- 523, 530- 536, 548- 555, 575- 582, 588- 595, 602- 610, 621- 629, 633- 641, 647- 654	11	внешняя мембрана Грам-отрицательной бактерии

2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Для выданного белка с идентификатором 4u9n_B я запустила сервисы TMHMM и Phobius. Сервисы TMHMM и Phobius предсказывают трансмембранные участки белков.

График выданный TMHMM

График показывает вероятность того, что та или иная часть белка находится в определенном взаимоотношении с мембраной. По вертикальной оси обозначена вероятность, по горизонтали аминокислотные остатки белка. Красным трансмембранные части, синим внутренние (обращенные в цитоплазму), фиолетовым наружние (обращенные во внешнюю среду). Программа правильно предсказала 5 трансмембранных частей.

График выданный Phobius.

По вертикальной оси обозначена условная вероятность, по горизонтали - аминокислотные остатки белка. Серым показаны трансмембранные части, зеленым - обращенные в цитоплазму, синим - обращенные во внешнюю среду, красным - содержащие сигнальный пептид. Программа правильно предсказала 5 трансмембранных частей.

Из текстовых данных, представленных в таблице, видно, что TMHMM и Phobius предсказывают очень похожие координаты. Координаты ОРМ слегка выше, но относительно похожи на остальные.

3. База данных TCBD

В TCBD я нашла белок 4u9n и 3ohn. TCBD (Transporter Classification Database) - база данных, содержащая детальную классификацию мембранных транспортных белков, объединяя как функциональные, так и филогенетические данные. Транспортные системы классифицируются по 5ти критериям, каждому из которых соответствует один из 5ти символов TC кода. TC-код состоит из 5 компонентов: V.W.X.Y.Z. V показывает класс транспортера, W указывает на подкласс, X - на семейство, Y - на подсемейство, а Z соответсвует собственно транспортеру со специфическими субстратами.

Для белка 4u9n цифры TC-кода 1.А.26.1.2. Объяснение значения цифр: 1: Channels/Pores(каналы/поры), белки этой категории имеют трансмемранные каналы. 1.A.: alpha-Type Channels. Белки этого класса найдены в мембранах большинства организмов и катализируют движение растворов энергетически независимым процессом через трансмембранные водные поры или каналы, большинство состоит из альфа спиралей. 1.A.26 :The Mg2+ Transporter-E (MgtE) Family, эти белки способны транспортировать Mg2+ и Co2+ но не Ni2+.

Для белка 3ohn цифры TC-кода 1.B.11.3.9. Объяснение значений цифр: 1 как и у предыдущего. 1.B. betta-Barrel Porins(пориновый бочонок). Эти белки всегда позволяют растворенным веществам проходить через мембрану энергетически независимо, состоят только из бетта-бочонков и расположены во внешней мембране бактерий и пластид. 1.B.11 The Outer Membrane Fimbrial Usher Porin (FUP) Family(внешне мембранные ФАП), способны к сборке и секреции поверхности органелл.

Ссылки:

На главную

© Кузнецова Ксения, 2015