Электронная плотность кристалла пептидогликановой гликозилтрансферазы из Burkholderia ambifaria.
Пептидогликановая гликозилтрансфераза - это фермент из семейства гликозилтрансфераз, катализирующий реакцию синтеза пептидогликана клеточной стенки бактерии Burkholderia ambifaria.
Макромолекула Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI содержит 579 аминокислотных остатка и имеет теоретический вес 62.56 KDa. Кристаллическая структура имеет разрешение 1.65А.
1. Изображение электронной плотности вокруг остова полипептидной цепи
На сайте PDBe я выбрала структуру (5uy7 ), удовлетворяющую необходимым требованиям задания, для визуалзации электронной плотности. Ниже представленны изображения электронной плотности вокруг остова с разным уровнем подрезки.
2. Изображение ЭП вокруг трех различных аминокислотных остатков
Я выбрала 3 различных остатка для визуализации плотности вокруг них на уровнях подрезки 1.5, 2.0, 2.5. Из предыдущих изображений видно, что на этих уровнях подрезки структура вписана лучше всего. Ниже представлены изображения с визуализацией ЭП вокруг остатков Ala 256, Glu 469, Val 445 для трёх уровней подрезки.
Из полученных изображений видно, что на уровне подрезки 2.0 все атомы вписаны в электронную плотность лучшим образом. На уровне 2.5 некоторые атомыуглерода оказываются не вписаными в ЭП, особенно это касается Val. Интересно, что в случае с Ala и Glu на всех уровнях подрезки все атомы хорошо вписаны в ЭП. Атомы азота и кислорода более электроотрицательны чем атомы углерода, что позволяет их лучше идентифицировать. Поэтому большую сложность составляет определение атомов боковых цепей. Однако электронные плотности азота и кислорода похожи между собой, что также вызывает трудности в определении. Атому азота покрашены на изображениях в синий, а атомы кислорода в красный.
Ссылки:
© Кузнецова Ксения, 2015