Биологический смысл выравнивания

В предыдущем блоке заданий строились парные выравнивания последовательностей. В них главную роль играл вес выравнивания, что могло приводить к недооцениванию биологического смысла выравниваний (к примеру, выравнивание с хорошим весом, но частым чередованием гэпов с участками последовательности было ненадежно, так как такая частота делеций (или вставок) маловероятна). В данном задании по выравниванию 3D структур последовательностей (хорошее выравнивание 3D структур дает больше оснований полагать о гомологичности белков, чем выравнивание последовательностей) было восстановлено выравнивание последовательностей:

Изображение наложенных друг на друга выравненных последовательности, полученное при помощи программы RasMol (в выравнивании совпадают 2 больших участка последовательностей, на изображениях они показаны отдельно и отмечены стрелками):
Полученное выравнивание последовательностей (при помощи программы Genedoc) можно посмотреть здесь: выравнивание; оно же с окрашенными участками, соответствующими местам совпадения 3D структур:

В парном выравнивании последовательнотей, которое соответствует выравниванию 3D структур, видно, что число идентичных остатков в колонке невелико, больше функционально консервативных остатков. Вес такого выравнивания может быть невелик, однако молекулы белков, соответствующих этим последовательностям, похожи в определенных участках (выделено красным).

Во второй части работы последовательности были выравнены программой needle из пакета Emboss. Вот это выравнивание: посмотреть файл в формате msf;
его изображение:

Автоматическое выравнивание программой needle в корне отличается от выравнивания 3D структур. Различно количество и позиции гэпов, различны и неразорванные участки последовательностей. Таким образом, полное несоответствие этих выравниваний подтверждает, что автоматическое выравнивание последовательностей может быть ненадежным (выравнивания могут и совпадать при определенных последовательностях, но данный случай показывает, что удачному парному выравниванию полностью доверять нельзя).