Учебный сайт
Главная Семестры Проекты Обо мне

Технические характеристики записи 1bdo.pdb

Разрешение структуры - 1.8 ангстрем 
	REMARK   2 RESOLUTION. 1.80 ANGSTROMS
Число рефлексов - 14311 
	REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 14311
Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) - не указана 
	REMARK   3   COMPLETENESS (WORKING+TEST)   (%) : NULL
R-фактор - 0.189 
	REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.189
Свободный R-фактор и процент рефлексов, использованных для его вычисления - не указано 
	REMARK   3   FREE R VALUE                     : NULL  
	REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : NULL
Кристаллографическая группа и тип симметрии - P 21 21 2 
	REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 21 21 2
Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки) - 65.460, 37.260, 35.450
Базисные периоды ортогональны, так как указанные углы между ними равны 90 градусам 
	CRYST1   65.460   37.260   35.450  90.00  90.00  90.00 P 21 21 2     4
Абсолютная система координат совпадает с депонируемой 
	ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
	ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
	ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000
Ассимметрическая единица состоит из одной молекулы, в то время как биологическая единица состоит из двух молекул (координаты второй можно получить из координат первой умножением на матрицу 2 и прибавлением вектора 2 
	REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
	REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A                                     
	REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
	REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
	REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
	REMARK 350   BIOMT1   2 -1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
	REMARK 350   BIOMT2   2  0.000000 -1.000000  0.000000       37.26000            
	REMARK 350   BIOMT3   2  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000
В записи все атомы, кроме атомов из концевого остатка GLU156, имеют коэффициент заполнения 1.00. У 156 остатка, глутаминовой кислоты, есть альтернативная конформация (что можно объяснить ее концевым положением). Атомы с коэффициентом ниже единицы: 
	ATOM    600  C  AGLU A 156       7.439  21.703 -22.875  0.52 13.25           C  
	ATOM    601  C  BGLU A 156       5.535  19.661 -22.345  0.16 14.33           C  
	ATOM    602  O  AGLU A 156       8.016  21.380 -23.932  0.52 16.95           O  
	ATOM    603  O  BGLU A 156       4.385  20.062 -22.048  0.16 15.63           O  
	ATOM    604  CB AGLU A 156       5.191  20.778 -22.231  0.52 17.68           C  
	ATOM    605  CB BGLU A 156       7.905  20.338 -22.982  0.16 13.97           C  
	ATOM    606  CG AGLU A 156       4.633  20.246 -23.543  0.52 24.87           C  
	ATOM    607  CG BGLU A 156       8.961  21.419 -22.880  0.16 13.64           C  
	ATOM    608  CD AGLU A 156       3.440  19.338 -23.333  0.52 26.19           C  
	ATOM    609  CD BGLU A 156      10.097  21.208 -23.837  0.16 13.53           C  
	ATOM    610  OE1AGLU A 156       2.380  19.834 -22.889  0.52 27.75           O  
	ATOM    611  OE1BGLU A 156       9.840  21.245 -25.058  0.16 14.93           O  
	ATOM    612  OE2AGLU A 156       3.560  18.119 -23.588  0.52 27.65           O  
	ATOM    613  OE2BGLU A 156      11.244  21.043 -23.374  0.16 12.58           O  
	ATOM    614  OXTAGLU A 156       7.463  22.858 -22.417  0.52  7.40           O  
	ATOM    615  OXTBGLU A 156       5.753  18.529 -22.824  0.16 16.74           O
Изображение концевого остатка:

Слева остаток с подписаннами названиями атомов, справа - он же с подписаными коэффициентами заполнения

Вычисление относительных координат

Для одного из Сα-атомов были вычислены относительные координаты. Для этого его абсолютные координаты из его описания: 
	ATOM    553  CA  GLU A 150      10.413   8.711  -9.234  1.00  7.90           C
были преобразованы с помощью матрицы поворота и вектора сдвига: 
	SCALE1      0.015277  0.000000  0.000000        0.00000                         
	SCALE2      0.000000  0.026838  0.000000        0.00000                         
	SCALE3      0.000000  0.000000  0.028209        0.00000

Ассимметрическая и биологическая единицы записи 2PUE

C сервера PDBe были скачаны файлы с биологической и ассимметрической единицами ДНК-белкового комплекса, 2pue_1.pdb и 2pue.pdb соответственно. Затем с помощью PyMOL были созданы изображения:
ассимметрическая единица, цепь ДНК и молекула белка:

биологическая единица, двойная цепь ДНК и гомодимер белка:

На обоих изображениях видно, что молекула ДНК изогнута. Однако на изображении биологической единицы белковый димер симметрично подходит к ДНК, и, вероятно, взаимодействие молекул в димере и симметричное взаимодействие каждой из них с ДНК приводит в изгибу. Также отчетливо видно, какие из остатков белка взаимодействуют с большой и малыми бороздками ДНК. На изображении ассимметрической единицы видно взаимодействие мономера белка с одним участком ДНК, и не видна полная картина.
Таким образом, в отличие от изучения ассиметрической единицы, изучение биологической дает более полные представления о взаимодействиях белок-белок и ДНК-белок.
© Яшина 2009