|
||||
|
Анализ выдачи программы PROCHECKДля записи 1bdo.pdb была изучена выдача программы PROCHECK ( посмотреть)Карта Рамачандрана для записи 1bdo.pdb: 
No. of
residues %-tage
------ ------
Most favoured regions [A,B,L] 62 92.5%
Additional allowed regions [a,b,l,p] 5 7.5%
Generously allowed regions [~a,~b,~l,~p] 0 0.0%
Disallowed regions [XX] 0 0.0%
---- ------
Non-glycine and non-proline residues 67 100.0%
End-residues (excl. Gly and Pro) 2
Glycine residues 6
Proline residues 5
----
Total number of residues 80
Всего проанализировано 80 остатков, в которые входят 2 концевых, а также 11 глицинов и пролинов. Как видно на карте, в запрещенной
области нет ни одного остатка (отличного от пролина или глицина). При этом в предпочитаемой области находится 92,5% остатков (за 100%
приняты 67 остатков - неконцевых отличных от пролина и глицина). Это значение больше 90%, а значит по критерию карты Рамачандрана
модель хорошая.
Анализ структруры по данным сервера EDSНа странице структуры записи 1bdo.pdb на сервере EDS были проанализированы данные вкладки "Significant regions". Всего в структуре, по данным EDS, присутствуют 2 остатка, Z-score которых больше двух: 77 GLU и 78 ILEЭто 2 концевых остатка. Для них было создано изображение в PyMOL: структурная формула остатка и соответствующая ему электронная плотность. 77 GLU. RSR 0,527 real-space correlation coefficient 0,560 Z-score 6.038691Значение его Z-score очень большое, коэффициент корреляции меньше 0.9, а RSR больше 0.1 - показатели очень плохие; этот остаток не вписывается в электронную плотность. На рисунке остаток и его электронная плотность на уровне 0.5; видно, что атомы боковой цепи выходят за пределы уровня даже при таком низком значении уровня плотности, как 0,5  78 ILE. RSR 0,214 real-space correlation coefficient 0,810 Z-score 3,168421В целом, показатели для этого остатка лучше, чем для 77, но все же не удовлетворяют критериям соответствия модели и экспериментальной электронной плотности. На рисунке остаток и его электронная плотность на уровне 1.0; видно, как за пределы уровня выходят остатки боковой цепи. 
PDB_REDO на сервере EDSС помощью PDB_REDO на сервере EDS были получены данные по оптимизированной структуре 1bdo.
R-value, расположение значений углов на карте Рамачандрана, конформация остовной цепи, число коллизий (случаев слишком коротких расстояний между атомами) В то же время, ухудшились параметры: R-free, разность между R-value и R-free, значения углов χ1 и χ2, длины и углы связей, число предполагаемых участников водородных связей, которые таковыми не являются. В результате, ухудшение таких параметров, как R-free и (R-free - R-value), а также некоторых других, не говорит в пользу оптимизированной модели. Качество неоптимизированной модели было хорошим (не было "запрещенных" углов на карте Рамачандрана, Z-score и другие параметры атомов (кроме двух N-концевых) удовлетворяли стандартным критериям). Таким образом, данная оптимизация, возможно, не требуется. Анализ остатков из оптимизированной структуры 1bdoБыла скачана оптимизированная структура 1bdo: 1bdo_final.pdb. Атомы 77 и 78 (те, что в неоптимизированной структуре имели Z-score больше 2) из этой записи были сопоставлены с экспериментальной электронной плотностью (синим обозначены остатки из записи 1bdo_final.pbd, зеленым - из исходной записи 1bdo.pdb):Glu 77. Уровень электронной плотности равен 0.5. На рисунке видно, что остаток не стал лучше вписываться в электронную плотность.  Ile 78. Уровень электронной плотности равен 1.0. На рисунке видно, что остаток был слегка сдвинут относительно исходного, в целом он не стал лучше вписываться в электронную плотность. 
Выдача WHAT_CHECKДля структуры 1bdo из PDB была разобрана выдача WHAT_CHECKИз данной выдачи можно получить самую разнообразную информацию о:
Warning: Groups attached to potentially hydrogenbonding atoms (к атомам, способным образовывать водородные связи, присоединена группа (Lys122)) Warning: Atoms on special positions with too high occupancy (может привести к нахождению нескольких атомов в практически одной позиции, образованию лишних водородный связей (HOH201)) Warning: Occupancies atoms do not add up to 1.0. (суммарная занятость позиции атомом (или его альтернативными конформациями) не равна единице (Glu156)) Warning: Average B-factor out of normal range (отклонение среднего значения B-фактора от нормального диапазона 10-20 ( |
© Яшина 2009