Введение в PyMOL

Введение в PyMOL

1
Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) была проведена мутация в белке 1lmp.pdb. Мутируемый остаток выбирался из тех, что находятся на расстоянии не более 5 ангстрем от лиганда, что может свидетельствовать о значимости этого остатка в связывании лиганда. Поверхность контакта лиганда с белком:

Был выбран остаток аспарагина 103, который, возможно, взаимодействует со 130 остатком из лиганда. Аспарагин, способный образовывать водородные связи, был заменен на глицин, гидрофобный и меньший по размерам, чем аспарагин. Полученная молекула была сохранена в файл 1lmp_mut.pdb.

В скрипте video.pml описан ролик, в котором:

молекула 1lmp показана зеленым, молекула мутированного белка - синим; модели cartoon
лиганд показан желтым, в модели sticks
остатки из области взаимодействия с лигандом показаны в модели lines
аспарагин 103 и полученный из него глицин 103 показаны в модели sticks красным и синим цветами соответственно

В ролике происходит совмещение белков и показывается возможная связь между остатком и лигандом, которая может быть разрушена.

2
C помощью средств редактирования последовательностей в PyMOL была создана полиаланиновая последовательность в форме сердца:

3
Был написан скрипт для постороения поли-аланиновой альфа спирали длинной 100 аминкислот (она характеризуется торсионными углами порядка -45 (пси) и -60(фи) градусов):