Сервис TreeTop

Сервис TreeTop запрашивает на вход множественное выравнивание последовательностей. В ходе алгоритма по таким матрицам замен аминокислот, как BLOSUM62 и др., строится матрица расстояний и филогенетическое дерево, изображение которого может быть получено в разных форматах (неукорененное, прямоугольное и пр.) для 2 алгоритмов: кластерного и топологического.
Матрица расстояний:

                1     2     3     4     5     6     7     8     
 1 EFTS_AGRRK  0.000 0.438 0.616 0.596 0.580 0.551 0.545 0.558
 2 EFTS_RHOS4  0.438 0.000 0.569 0.560 0.552 0.533 0.521 0.552
 3 EFTS_RALPJ  0.616 0.569 0.000 0.540 0.541 0.525 0.525 0.531
 4 EFTS_PSEAE  0.596 0.560 0.540 0.000 0.474 0.429 0.413 0.417
 5 EFTS_VIBCH  0.580 0.552 0.541 0.474 0.000 0.322 0.296 0.299
 6 EFTS_YERPE  0.551 0.533 0.525 0.429 0.322 0.000 0.195 0.192
 7 EFTS_ECOLI  0.545 0.521 0.525 0.413 0.296 0.195 0.000 0.089
 8 EFTS_ERWCT  0.558 0.552 0.531 0.417 0.299 0.192 0.089 0.000

Дерево в прямоугольном формате для кластерного алгоритма:

В топологическом алгоритме сперва строится дерево без учета длин ветвей, которые восстанавливаются позже, когда топологическая структура уже определена. В кластерном алгоритме порядок связи узлов восстанавливается вместе с соответствующими длинами ветвей и порядок ветвей определяется расстоянием между группами.. Также в кластерном алгоритме определяется корень дерева в точке, от которой расстояния до всех узлов, отвечающих последовательностям, равны.

Результат работы совпадает с топологической структурой деревьев, полученных ранее. Матрица расстояний не сопадает с полученой ранее по числовым значениям.