|
||||
|
Построение дерева по нуклеотидным последовательностямИз записей EMBL, соответствующих геномам отобранных ранее бактерий, для каждой из них была извлечена последовательность одной из 16S рРНК. Все последовательности были собраны в один файл и выровнены программой muscle.Полученное выравнивание: смотреть Затем выравнивание было подано на вход программам, реконструирующим филогенетическое дерево. Деревья, полученные программами fdnaml и fdnapars соответственно:
+--AGRRK_RNA
+--1
| +---RHOS4_RNA
|
| +ERWCT_RNA
| +--6
| +--5 +-ECOLI_RNA
| | |
| +---4 +YERPE_RNA
| | |
2---3 +-VIBCH_RNA
| |
| +--PSEAE_RNA
|
+------------------------------------------RALPJ_RNA
+ERWCT_RNA
+--6
+--5 +ECOLI_RNA
| |
+--4 +--YERPE_RNA
| |
+----3 +-VIBCH_RNA
| |
| +--PSEAE_RNA
|
| +--RHOS4_RNA
1---2
| +--AGRRK_RNA
|
+------------------------------RALPJ_RNA
С помощью программы fprotdist была получена матрица расстояний для этих последовательностей:
RALPJ_RNA 0.000000 0.776796 0.823900 0.825179 0.836865 0.857512 0.823141 0.814987 AGRRK_RNA 0.776796 0.000000 0.109137 0.206974 0.231453 0.245104 0.240878 0.239485 RHOS4_RNA 0.823900 0.109137 0.000000 0.217396 0.237455 0.246272 0.249233 0.243546 PSEAE_RNA 0.825179 0.206974 0.217396 0.000000 0.161780 0.171968 0.157027 0.160000 VIBCH_RNA 0.836865 0.231453 0.237455 0.161780 0.000000 0.095952 0.103400 0.091000 YERPE_RNA 0.857512 0.245104 0.246272 0.171968 0.095952 0.000000 0.057054 0.049705 ECOLI_RNA 0.823141 0.240878 0.249233 0.157027 0.103400 0.057054 0.000000 0.046380 ERWCT_RNA 0.814987 0.239485 0.243546 0.160000 0.091000 0.049705 0.046380 0.000000По этой матрице были построены деревья программами:
-ffitch
+ERWCT_RNA
+-6
+-5 +-ECOLI_RNA
! !
+-4 +-YERPE_RNA
! !
+--3 +--VIBCH_RNA
! !
! +---PSEAE_RNA
!
! +--AGRRK_RNA
2--1
! +--RHOS4_RNA
!
+-----------------------------------------RALPJ_RNA
-fkitsch (дерево укоренено)
+-ERWCT_RNA
+-7
+-6 +-ECOLI_RNA
! !
+-5 +-YERPE_RNA
! !
+-4 +--VIBCH_RNA
! !
+-----------------3 +----PSEAE_RNA
! !
! ! +---RHOS4_RNA
--1 +--2
! +---AGRRK_RNA
!
+------------------------RALPJ_RNA
Все неукорененные деревья по множеству нетривиальных ветвей совпадают с правильным. Однако RALPJ отстоит от остальных листьев дальше, чем на деревьях, которые были построены по выравниванию белков.
Построение и анализ дерева, содержащего паралогиПо базе данных, созданных программой formatdb по файлу proteo.fasta, содержащему записи банка UniProt, относящиеся к протеобактериям из задания 1, был проведен поиск гомологов белка FTSH_ECOLI программой blastp. Среди них были отобраны находки, соответствующие отобранным мною бактериям (для которых были построены предыдущие деревья). Последовательности находок были выравнены программой muscle, а затем по выравниванию программой fprotpars было построено дерево:
+--B9JPL8_AGRRK
+--------------------------------9
! +--Q9I5R4_PSEAE
!
! +--Q6D9B8_ERWCT
! +-19
! +-18 +--FTSH_ECOLI
! ! !
! +-17 +-----Q0WBE7_YERPE
! ! !
+-----------------8 +-16 +--------Q9KU86_VIBCH
! ! ! !
! ! +----15 +-----------Q9HV48_PSEAE
! ! ! !
! ! +----14 +--------------B2UGP9_RALPJ
! ! ! !
! ! ! ! +--Q3J045_RHOS4
! ! +-12 +----------------13
! ! ! ! +--B9J9H1_AGRRK
! ! ! !
! +----10 ! +--B2UIS9_RALPJ
! ! +----------------------11
+--7 ! +--B2UE66_RALPJ
! ! !
! ! +-----------------------------B2U6W7_RALPJ
! !
! ! +--HSLU_ECOLI
! ! +--6
! ! +--5 +--HSLU_YERPE
! ! ! !
1 ! +--4 +-----HSLU_VIBCH
! ! ! !
! ! +--3 +--------HSLU_PSEAE
! ! ! !
! +--------------------------------------2 +-----------HSLU_RALPJ
! !
! +--------------HSLU_RHOS4
!
+--------------------------------------------------------B9JD33_AGRRK
Будем считать реконструкцию дерева верной.Паралоги - 2 гомологичных белка из одного организма. Примеры: ветвь 11, B2UIS9_RALPJ и B2UE66_RALPJ HSLU_ECOLI и FTSH_ECOLI Ортологи - 2 гомологичных белка из разных организмов, разделение общего предка которых произошло в результате видообразования. Примеры: ветвь 6, HSLU_ECOLI и HSLU_YERPE Q6D9B8_ERWCT и Q9KU86_VIBCH |
© Яшина 2009