Реконструкция филогенетических деревьев

Укоренение дерева в среднюю точку

Здесь было построено дерево методом neighbor-joining по группе белков факторов элонгации трансляции Ts из различных организмов:

  +----------------RHOS4     
  ! 
  !           +----------------------------RALPJ     
  1-----------2 
  !           !   +--------------------PSEAE     
  !           +---3 
  !               !       +-------------VIBCH     
  !               +-------5 
  !                       !  +-------YERPE     
  !                       +--6 
  !                          !   +-ECOLI     
  !                          +---4 
  !                              +-ERWCT     
  ! 
  +----------------AGRRK

С помощью программы retree пакета PHYLIP это дерево было укоренено в среднюю точку.
Результат в формате, выданном retree:

То же дерево, построенное в treedyn:

Укоренение произошло в ветвь 1-2 (на дереве по методу neighbor-joining), причем полученное укорененное дерево совпадает с правильным.

Использование аутгруппы

В качестве аутгруппы был выбран белок EFTS_BACSU. С помощью программы fprotpars было построено дерево на базе имеющихся последовательностей белков + белок аутгруппы. Затем в программе retree дерево было обработано: аутгруппа была выделена и дерево укоренено:

То же дерево, построенное в treedyn:

Полученное дерево также (как и в предыдущем пункте) не отличается от правильного, а укоренение произошло между подмножествами {RHOS4;AGRRK} и {RALPJ;PSEAE;VIBCH;YERPE;ECOLI;ERWCT}.

Бутстреп

С помощью программ fseqboot, fprotpars и fconsense было создано 100 бутстреп-реплик выравнивания белков протеобактерий, построены по этим репликам деревья и создано единое дерево по принципу "расширенного большинства" соответственно.
Полученное дерево (совпало с предыдущими):


                                            +------AGRRK
                                     +100.0-|
                              +-97.5-|      +------RHOS4
                              |      |
                       +-98.0-|      +-------------RALPJ
                       |      |
                +-98.0-|      +--------------------PSEAE
                |      |
         +-99.0-|      +---------------------------VIBCH
         |      |
  +------|      +----------------------------------YERPE
  |      |
  |      +-----------------------------------------ECOLI
  |
  +------------------------------------------------ERWCT

Было найдено 7 ветвей, не получивших поддержку, среди них правильных не оказалось:

{RALPJ;PSEAE} против {ERWCT;ECOLI;YERPE;VIBCH;RHOS4;AGRRK}       2.00
{ECOLI;RALPJ;PSEAE;RHOS4;AGRRK} против {ERWCT;YERPE;VIBCH}       1.00
{YERPE;PSEAE} против {ERWCT;ECOLI;VIBCH;RALPJ;RHOS4;AGRRK}       1.00
{ERWCT;ECOLI;YERPE;RALPJ;PSEAE} против {VIBCH;RHOS4;AGRRK}       1.00
{YERPE;VIBCH} против {ERWCT;ECOLI;PSEAE;RALPJ;RHOS4;AGRRK}       1.00
{ERWCT;ECOLI;YERPE;PSEAE} против {VIBCH;RALPJ;RHOS4;AGRRK}       1.00
{ERWCT;ECOLI;YERPE;VIBCH;RALPJ} против {PSEAE;RHOS4;AGRRK}       0.50