Введение в PyMOL

Введение в PyMOL

Запись 1KMY

В записи 1KMY из банка PDB с помощью команд в PyMOL был определен ион металла и связанные с ним координационными связями аминокислотные остатки и лиганды (остатки считались связанными координационно, если находились в пределах 3.5 ангстрем от иона металла).

 
команда >select not_ion, symbol h+o+c+s+n
        >hide all

После выполнения этих команд в графическом окне осталось только изображение атома иона металла - железа (II).

 
команда >show spheres, symbol fe
	>show sticks, byres symbol fe around 3.5

После выполнения этих команд в графическом окне появилось изображение атома железа, а также трех остатков аминокислот и лиганда, находящихся в пределах 3.5 ангстрем от иона:

Запись 5RXN

В записи 5RXN банка PDB (описанная структура молекулы рубредоксина была получена при разрешении 1.2 ангстрем в 1984 году) были изучены все представленные там треонины.

команда >show sticks, resn thr

В графическом окне остались изображения треонинов, всего их три. В боковой цепи атом CB является хиральным. При этом Thr7 и Thr28 имеют R конформацию, а Thr5 - S конформацию:

Запись 1GT0

В записи 1GT0 банка PDB (описанная структура тройного комплекса POU/HMG/DNA была получена при разрешении 2.6 ангстрем в 2002 году) была изучена цепь С, а именно ее остатки с 75 по 100.

 
команда >select  res, resi 75-100 and chain C
	>show sticks, res

В графическом окне должны были остаться изображения всех остатков цепи С с 75 по 100. Однако на самом деле были изображены только 75-77 и 97-100. Данные об остатках в промежутке 78-96 в файле PDB отсутствуют:

Запись 1DLP

В записи 1DLP банка PDB (описанная структура предшественника лектина SCAFET была получена при разрешении 3.3 ангстрем в 1999 году) были изучены остатки 136 цепи А и 167 цепи С.

команда >select duo, (resi 136 and chain a) or (resi 167 and chain c)
	>show sticks, duo

Полученные остатки - Asn136 и Arg167.

В данных остатках необычно построены связи с кислородом и азотом. В остатке аргинина образован цикл атомами С, С-альфа и азота. В остатке аспарагина, помимо такого же цикла в остове аминокислоты, есть два в боковой цепи: между атомами CB, СG и ND2, а также между атомами CB, CG и OD1 (оксирановое кольцо).
В поле REMARK записи PDB отмечено, что данные о положении и свойствах атомов CG, OD1 и ND2 в аспарагине и атомов CB, CG, CD, NE, CZ, NH1 и NH2 в аргинине могут быть ненадежны.

Запись 2B5A

В записи 2B5A банка PDB (описанная структура C.BCLI была получена при разрешении 1.54 ангстрем в 2005 году), содержащей 4 цепи A,B,C и D, были исследованы остатки под номером 21. Все они являются глутаминами. Однако Gln21 на цепи С необычен: он представлен наложением двух структур, атомы С, N и О которых общие, а вот все остальные принадлежат двум альтернативным остаткам Gln21'A и Gln21'B (вероятно, существует 2 варианта кристаллической структуры молекулы):
Изображение 4 цепей, синим отмечены Gln21:

Глутамин цепи С в альтернативных конформациях:

Скрипт

Был создан скрипт, воспроизводящий команды для работы с остатками 136 и 167 из записи 1DLP.pdb:

load 1dlp.pdb
hide all
select duo, (resi 136 and chain a) or (resi 167 and chain c)
show sticks, duo

Впечатления от работы с PyMOL

По сравнению с RasMOL, с которым мы уже имеем опыт работы, PyMOL имеет ряд преимуществ: удобная командная строка, возможность получения изображений с высоким разрешением, что часто при работе с объектами со сложной стрктурой бывает необходимо, существование меню для работы с каждым выделенным множеством в отдельности, обширные возможности команды select.