Q
Q-score  - функция качества Са-выравнивания. Качество выравнивания зависит как от длины выравнивания, так и от RMSD. Как правило,
более значимому 3D выравниванию соответствует более низкое значение RMSD и большая длина выравнивания. Однако, почти всегда возможно
получить более низкое значение RMSD засчет длины выравнивания и наоборот. Q-score снижает эффект баланса Rmsd-длина выравнивания.
Выражение для Q-score:
            Nalgn*Nalgn
Q = -------------------------
     (1+(RMSD/R0)2)*Nres1*Nres2
Nres1 и Nres2 - число остатков в выравниваемых белках; R0 - эмпирический параметр, равен 3 ангстрем.
Q-score равно единице только в случае идентичных структур; оно уменьшается по мере роста RMSD или уменьшения длины выравнивания.

P
P-score равно отрицательному логарифму от P-value. P-value оценивает вероятность достижения такого же (или лучшего) качества
совпадения по случайным причинам. Качество совпадения - сложная величина, зависящая от RMSD, числа выравненных остатков,
числа гэпов, числа совпавших элементов вторичной структуры. Чем выше P-score (ниже P-value), тем статистически более значимо
совпадение. P-score ниже 3 свидетельствует о статистически незначимом совпадении.

Z 
Z-score оценивает статистическую значимость совпадения в терминах Гауссовой статистики. Чем выше Z-score, тем выше статистическая 
значимость совпадения.

Rmsd
RMSD - Root Mean Square Deviation (среднее квадратичное отклонение), вычисляется для Са атомов совпавших остатков при лучшем 
наложении структур. Выражается в ангстремах.
Обычно, чем больше RMSD, тем более отдалены друг от друга структуры. 

Nalgn
Длина выравнивания, или число совпавших остатков, вычисляется для лучшего наложения структур. 

Ng
Число гэпов - качественная характеристика Ca-выравнивания. Гэп - участок цепи из одного и более остатков, не совпадающий ни с одним 
из участков другой цепи, находящийся между сегментами совпавших остатков.
Примечание 1: Это определение отличается от того, что дается для выравниваний последовательностей.
Примечание 2: Из этого определения следует, что число гэпов одинаково в обеих выравниваемых структурах. 

%seq
Идентичность последовательностей - качественная характеристика Ca-выравнивания. Вычисляется как доля пар идентичных остатков среди
всех выровненных:
    %seq = Nident / Nalign
Примечание: Данный показатель вычисляется для выравнивания структур (3D), а не последовательностей. Так, две почти идентичные 
последовательности могут иметь низкую идентичность, если сворачиваются в разные структуры. 

Nres
Длина цепи, поданной на вход программе. 

%sse
Процент совпавших элементов вторичной структуры.

Match
Имя структуры, подававшейся для обработки в поле TARGET. Может быть из:
    * PDB кода
    * SCOP домена
    * загруженного пользователем файла со структурой
    * участка домена или участка цепи из записи PDB

Title
Дает краткое описание структуры из поля TARGET (обычно из поля записи PDB COMPND).