Работа с сервером MEME

На сервере MEME был выполнен поиск общего мотива среди последовательностей из файла. Поиск осуществлялся со следующими параметрами:

распределение количества встреч каждого мотива: "Zero or one per sequence"
максимальная и минимальная длина мотива: по 16 (поиск мотивов со строго заданной длиной)
число различных мотивов: 1

В результате были получены:
1. LOGO

2. PSSM (Position-Specific Scoring Matrix)

позиция в мотиве	A	C	G	T	нуклеотиды с положительным вкладом в вес
1	165	-1023	-50	-1023	A
2	-67	82	9	-67	S
3	-1023	-149	196	-1023	G
4	-1023	196	-149	-1023	C
5	192	-1023	-1023	-1023	A
6	179	-1023	-1023	-167	A
7	92	-50	-1023	33	W
8	-1023	209	-1023	-1023	C
9	-1023	-149	196	-1023	G
10	-167	-149	196	-1023	G
11	-1023	-1023	-1023	192	T
12	-1023	-1023	-1023	192	T
13	-67	-1023	-149	150	T
14	-167	196	-1023	-1023	C
15	-167	82	82	-167	S
16	-67	9	-1023	114	Y

3. Таблица найденных мотивов

название	цепь	начало мотива
purE	+	163
purL	+	158
codB	-	167
cvpA	+	178
purR	+	189
purA	-	128
pyrC	-	183
purM	-	170
guaB	+	181
folD	-	271
glnB	+	167
rpiA	-	122

4. Исходные последовательности с подчеркнутыми мотивами

>codB
tacggacctgaaccgtaggtcggataaggcgctcgcgtcgcatccgacaccatgctcagatgcctgatgcgacgctgacg
cgtcttatcaggcctacccactgtttttacaccgataatttttcccccacctttttgcactcattcatataaaaaatata
tttccccacgaaaacgattgctttttatcttcagatgaatagaatgcggcggattttttgggtttcaaacagcaaaaagg
gggaatttcgtgtcgcaagataacaactttagccaggggccagtcccgcagtcggcgcgg

>purE
tcgcccggcggtgcatgaacttatcgccaatcagcaacctgcttttcgcgtggtactgggtgcctggcatacggaaggtt
caatggtgaaagtcacggcggatgacgttgagctgattcattttccgttttaaaaaacccgcaactttgctgatttcaca
gccacgcaaccgttttccttgctctctttccgtgctattctctgtgccctctaaagccgagagttgtgcaccacaggagt
tttaagacgcatgtcttcccgcaataatccggcgcgtgtcgccatcgtgatggggtccaa

>pyrC
gaaccaggcattacgcaattactttaaccagcaacctgcttacgtcctgcgcgaagatggcagccagggcgaagcaatgg
cgaaaaaactggcgaaaggcattgaagtgaagccaggcgaaattgtcattccatttactgattaatcacgagggcgcatt
cgcgccctttatttttcgtgcaaaggaaaacgtttccgcttatcctttgtgtccggcaaaaacatcccttcagccggagc
atagagattaatgactgcaccatcccaggtattaaagatccgccgcccagacgactggca

>purR
ttacacactgtgatgaaaaaatctcccgtcatttataatgataagtgtttttaccacttccccttttcgtcaagatcggc
caaaattccacgcttacactatttgcgtactggccattgaccccttcctgacgctccgtgtcgtttttccggcgtaccgc
aacacttttgttgtgcgtaaggtgtgtaaaggcaaacgtttaccttgcgattttgcaggagctgaagttagggtctggag
tgaaatggaatggcaacaataaaagatgtagcgaaacgagcaaacgtttccactacaact

>cvpA
tgcctgatgcgacgctggcgcgtcttatcaggcctacgcaggggtagaaccgtaggtcggataaggcgtttacgccgcat
ccgacacgcattgcccgatgccgcaaaggcataaaaagtcgatggcgttgaatattttttcagcgccatttttattgatg
cgcgggaaggaaatccctacgcaaacgttttctttttctgttagaatgcgccccgaacaggatgacagggcgtaaaatcg
tgggacacatatggtctggattgattacgccataatcgcggtgattgctttttcctctct

>purM
ttttcgttgactttagtcaaaatgataacggtttgagataaagttattttatattcagatggttatgaaagaagattatt
ccatccgaaaactaacctttaccctggcacaagtcttctttcgccgcgcgcctggggaaaagacgtgcaaaaaggttgtg
taaagcagtctcgcaaacgtttgctttccctgttagaattgcgccgaattttatttttctaccgcaagtaacgcgtgggg
acccaagcagtgaccgataaaacctctcttagctacaaagatgccggtgttgatattgac

>guaB
acctgtcccatctcatgctcaagcagcagacgaaccgtttgattcaggcgactaacggtaaaaattgcaggggattgaga
aggtaacatgtgagcgagatcaaattctaaatcagcaggttattcagtcgatagtaacccgcccttcggggatagcaagc
attttttgcaaaaaggggtagatgcaatcggttacgctctgtataatgccgcggcaatatttattaaccactctggtcga
gatattgcccatgctacgtatcgctaaagaagctctgacgtttgacgacgttctcctcgt

>glnB
gggtgaaaatacggcgctgccaacctttgttgaggcacgtaatcagtttgaactcaactatttgcgtaagctgctgcaaa
tcaccaaaggcaacgtcacccacgcggcgagaatggcggggcgcaaccggacagaattttataaactgctttcccgacac
gagctggatgcaaacgatttcaaggaatgaattggcgttatgtgttacgtttagcagatcaaaagacaggcgaccttttc
aaggaatagcatgaaaaagattgatgcgattataaaacccttcaagctggacgatgtccg

>purL
attctctgtgtcgtgcgcgtcccagcttgaaaaaacgtaataatagtgaaaggtttactcataaatgagcggcattttgc
gtaaacctgcgccagatggcaacttattacagccattggcggcacgcgttgctaattcacgatggtgattttatttccac
gcaaacggtttcgtcagcgcatcagattctttataatgacgcccgtttcccccccttgggtacaccgaaagcttagaaga
cgagagacttatgatggaaattctgcgtggttcgcctgcactgtcggcattccgaatcaa

>purA
tagggccgatgctttacccgaaggcatggaagaagatgatctctgcgatgaccaatttgcccgataatattttacgtcgt
tttggcggtggacttgtggttgcgggcgttgtggtctactacatgttgaggaaaacgattggctgaacaaaaaacagact
gatcgaggtcatttttgagtgcaaaaagtgctgtaactctgaaaaagcgatggtagaatccatttttaagcaaacggtga
ttttgaaaaatgggtaacaacgtcgtcgtactgggcacccaatggggtgacgaaggtaaa

>folD
aaattctttttatattgtcaggtatttcttaaattatcttaatccttagacaaggaaataaatcagttccagatttacaa
cgccatcatggacgaaaaatgaagctttcagtctcagcgacggtgcgcctcaccttcgcaagaggtcgcttcacgcgata
aatctgaaacgaaacctgacagcgcgccccgcttctgacaaaataggcgcatccccttcgatctacgtaacagatggaat
cctctctctgatggcagcaaagattattgacggtaaaacgattgcgcagcaggtgcgctc

>rpiA
ttgaatggcgtggcgttattgcctcaatttgcctgtaaacaggggcttgcgaacggtgaactggtgcgcctgtttgcacc
gtggagcggcatacccagaccgttgtatgctttatttgcggggcgaaaggggatgcctgccattgcgcgatattttatgg
atgagttaaccacgcggcttgccaacggggtctgaatcgctttttttgtatataatgcgtgtgaaatttcataccacagg
cgaaacgatcatgacgcaggatgaattgaaaaaagcagtaggatgggcggcacttcagta

Сравнение результатов работы MEME с рельными мотивами - сайтами узнавания PurR.
С помощью МЕМЕ были найдены мотивы во всех 12 последовательностях. Среди 10 последовательностей с реальными сигналами (отсутствуют последовательности folD и rpiA) во всех, кроме purA, сигналы совпали с предсказанными мотивами. Таким образом:
число реальных сайтов: 10
число правильных предсказаний: 9
общее число предсказаний: 12.
чувствительность: 9/10=0,9
специфичность: 9/12=0,75.