Данная бактерия принадлежит к домену Bacteria.
Обычно обитает в соленой или пресной воде. Является аэробной грамотрицательной бактерией (не окрашивается по Граму). Ранее называлась Cytophaga johnsonae. Причиной этому является прианадлежность к группе Bacteroidetes, которых также называют Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides. Организмы из этой группы способны переваривать хитин и многие другие макромолекулы. Для данной бактерии характерна необычная форма движения - скользящая моторика, она даже стала модельным примером для изучения такого типа движения. Также скольжение может играть важную роль в переваривании хитина и других полимеров, предполагается, что скольжение и переваривание хитина могут быть связаны. Благодаря тому, что бактерия легко культивируется, она стала отличной моделью для изучения Bacteroidetes [1], [2].
Согласно записи NC_009441.1 в базе данных RefSeq в ее геноме содержится 5137 генов, из которых 5017 кодируют белки, суммарный размер генома в парах нуклеотидов составляет 6096872.
Описание оперона АТФ-синтазы в геноме Flavobacterium johnsoniae UW101
АТФ-синтаза – белок, состоящий из некоторого количества субъединиц, функция которого состоит в синтезе молекул АТФ, являющихся энергетическими аккумуляторами. Тип АТФ-синтазы данной бактерии – F.
Предположительно, оперон состоит из генов, представленных на рисунке. Соседние гены с 5' и 3' конца сонаправлены с данными генами, но я не включил их в оперон, поскольку у них другая функция. Описание генов оперона представлено в таблице 1.
Таблица 2 – описание генов оперона АТФ синтазы бактерии Flavobacterium johnsoniae UW101
| Номер гена | Координаты гена в геноме | Идентификатор гена | Продукты гена по данным NCBI | Перевод названия на русский язык |
| 1 | 1199003..1200178 | YP_001193407.1 | ATP synthase F0 subunit A | АТФ синтаза F0, A-субъединица |
| 2 | 1200499..1200999 | YP_001193409.1 | F0F1 ATP synthase subunit B | АТФ синтаза F0F1, B-субъединица |
| 3 | 1201004..1201537 | YP_001193410.1 | ATP synthase F1 subunit delta | АТФ синтаза F1,δ-субъединица |
| 4 | 1201575..1203152 | YP_001193411.1 | F0F1 ATP synthase subunit alpha | АТФ синтаза F0F1, α-субъединица |
| 5 | 1201575..1203152 | YP_001193411.1 | F0F1 ATP synthase subunit alpha | АТФ синтаза F0F1, α-субъединица |
| 6 | 1203236..1204096 | YP_001193412.1 | ATP synthase F1 subunit gamma | АТФ синтаза F1, γ-субъединица |
Источники:
[1] http://genome.jgi-psf.org/flajo/flajo.home.html