Исследуемый нами белок относится к классу углевод связывающих белков 6 рода. Ген, который его кодирует, сонаправлен с соседними генами. Информация о данном белке содержится в записи NC_009441.1 базы данных RefSeq.

На рисунке 1 изображена геномная окрестность данного белка.

Рисунок 1 - Геномная окрестность углевод-связывающего белка 6 рода (выделен рамкой) из генома бактерии Flavobacterium johnsoniae UW101 (идентификатор записи RefSeq NC_009441.1). Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI [1]

Расстояние до гена со строны 5’ конца - 531 пара нуклеотидов, со стороны 3’-конца – 156 пар нуклеотидов. Хотя гены и сонаправлены, я не думаю, что они находятся в одном опероне, так как расстояние между ними слишком велико.

Информация о белке и его гене приведена в талбице 1.

Таблица 1 - информация об углевод связывающем белке 6 рода из бактерии Flavobacterium johnsoniae UW101 (идентификатор YP_001196501.1 в базе RefSeq)

Вид информации Квалификатор в записи генома Значение
Локус гена в геноме /locus_tag Fjoh_4174
Имя гена /gene Нет
Идентификатор гена в базе Gene /db_xref="GeneID 5093804
Начало гена в геноме 5006226
Конец гена в геноме 5009099
На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) Обратная
Длина гена (в парах нуклеотидов) 2874
Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein /protein_id YP_001196501.1
Длина белка (в аминокислотных остатках) 957

Источники:

[1] http://www.ncbi.nlm.nih.gov