Гидрофобные взаимодействия наряду с водородными являются основными структурными взаимодействиями в белке. Рассмотрим расположение гидрофильных и гидрофобных молекул в углевод связывающем белке.

Рисунок 1. Расположение гидрофильных и гидрофобных молекул в исследуемом белке.

На рисунке 1 приведена структура углевод связывающего белка с учетом гидрофобности тех или иных аминокислот. Зеленым цветом показаны гидрофобные аминокислоты, красным - гидрофильные. Гидрофобные аминокислоты - это аланин, лейцин, пролин, изолейцин, валин, триптофан, тирозин, фенилаланин, глицин. Гидрофильные - серин, треонин, лизин, аргнин, аспарагиновая кислота, глутаминовая кислота, глутамин, аспарагин. Как видно из рисунка, цепи белка, по сути, представляют собой гидрофобные области - гидрофобные ядра и торчащие из него гидрофильные остатки аминокислот.