Мотивом называют консервативный участок последовательностей. Существует два типа мотивов: мотивы, которые свидетельствуют о гомологии последовательностей и мотивы, свидетельствующие об общности функции или структуры белков.

Сильным паттерном называют такой паттерн, с помошью которого находятся только гомологичные последовательности.
Слабый паттерн - находятся все мотивы.
Было взято выравнивание из практикума 9, которое можно скачать по данной ссылке. Проект в формате jar с выделенными паттернами можно скачать по данной ссылке

Рис.1 Фрагменты выравнивания с сильныи и слабым паттерном

Для данного белка: F-[VIT]-X-A-X-F-D-G-I-L-G-[ML] - сильный паттерн - 25;
[QE]-Y-[YF]-G-X-I-X-[IL]-G-X-P-X-Q - слабый паттерн - 62
Поиск по паттернам: сильный - 19 (Swissprot); 519(Trembl); слабый - 62(Swissprot); 1028(Trembl);