При помощи базы данных Uniprot для идентификатора YP_001196501.1 (RefSeq) получен идентификатор A5FC88_FLAI1. Для поиска ортологов использовался запрос: taxonomy:flavobacteriaceae AND gene:atpe* и было получено 17 белков, причем их свойства предсказаны из гомологии. Таблицу сравнения белков и ортологов можно посмотреть здесь

Ответы на вопросы:
1.Какие ионы связываются с белком? Ca.
2.Какие аминокислотные остатки Вы бы стали модифицировать, чтобы изменить характер связывания металла с белком? Связывающиеся с кальцем - 507,537,539,577, 536,553,578,580
3.На какой участок вашего белка Вы бы стали воздействовать,чтобы помешать его правильной локализации в клетке? 1- 24 аминокислоты( т.к именно они предположительно являются сигнальной частью белка)

Поэтапный поиск белков - компонентов АТФ синтазы, закодированных в геноме Flavobacterium johnsoniae UW101 проиллюстрирован в таблице 1. В итоге нашлось 8 компонентов АТФ синтазы (рис. 1). Из них 5 входят в раздел Uniprot/Swissprot, они определяются из гомологии. 6 из 8 являются колокализованными.

Организм Строка запроса Число записей Комментарии
Геном Flavobacterium johnsoniae UW101 organism:"Flavobacterium johnsoniae UW101" 0 ?
Штаммы Flavobacterium johnsoniae UW101 organism:"flavobacterium johnsoniae" 5116 Полное название организма: Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101)
Геном Flavobacterium johnsoniae UW101 organism:"flavobacterium johnsoniae strain atcc 17061 dsm 2064 uw101" 5021 Осталось выбрать компоненты АТФ синтазы
Геном Flavobacterium johnsoniae UW101 organism:"flavobacterium johnsoniae strain atcc 17061 dsm 2064 uw101" AND name:atpase 49 Слишком много
Геном Flavobacterium johnsoniae UW101 organism:"flavobacterium johnsoniae strain atcc 17061 dsm 2064 uw101" AND gene:atp* 8 Цель выполнена
Геном Flavobacterium indicum GPSTA100-9T organism:"flavobacterium indicum strain dsm 17447 cip 109464 gptsa100 9" AND gene:atp* 8 Цель выполнена

Рис. 1 Белки - компоненты АТФ-синтазы из протеома бактерии Flavobacterium johanisonae

Также были найдены белки-компоненты АТФ синтазы, закодированные в геноме Flavobacterium indicum GPSTA100-9T. Всего их было найдено 8. Они показаны на рисунке 2. Ни один из них не входит в раздел UniProt/SwissProt. Они не являются колокализованными.

Рис.2 Белки - компоненты АТФ-синтазы из протеомов бактерий рода Flavobacterium

Целью последнего задания было нахождение 10 гомологов одной из субъединиц АТФ ситазы. Поиск проводился с помощью функции Blast (рис. 3). Всего находок 250, в SwissProt/UniProt их 5. Результаты можно найти по этой ссылке

Рис.3 Белки - гомологи бекла из субъединицы АТФ синтазы бактерии Flavobacterium johanisonae

Также было подсчитано количество ортологов в различных базах:
5 – SwissProt
4- Trembl
7 –Inferredfrom homology
2-Predicted