Работа производилась с файлом 1G59.fasta, содержащим последовательность заданной тРНК, с цепью B. Для предсказания вторичной структуры РНК была использована программа einverted, которая ищет иневертированные повторы. Я взял стандартные параметры, но уменьшил minimum treshold до 15. Был получен следующий результат: 

SEQUENCE: Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
       3 cccca 7
         |||||
      69 ggggt 65

При больших значениях мы получим пустое множество, при меньших результатов будет слишком много. Скорее всего данная последовательность будет соответствовать акцепторному стеблю РНК.

Для выполнения следующего упражнения необходимо научиться пользоваться алгоритмом Зукера, который также используется для предсказания вторичной структуры РНК. Я использовал онлайн версию mfold, при автоматически заданных параметрах была получена единственная структура, представленная на рисунке 1.

Рисунок 1. Предсказанная вторичная структура тРНК, полученная mfold

На основании данных полученных в данном упражнении и данных прошлого практикума была построена следующая таблица с данными:

Участок структуры Позиции в структуре
(по результатам find_pair)		 Результаты предсказания
с помощью einverted 		Результаты предсказания
по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 3-8, 64-69 5 пар 3-8, 64-69
D-стебель 12-16 - 12-16
T-стебель 41-46 - 41-46
Антикодоновый стебель 25-31 - 24-30
Общее число канонических пар нуклеотидов 16 5 12

Таблица 1: Сравнение данных тРНК структуры с предсказаннами данными

Следующим заданием был поиск ДНК-контактов в заданной структуре, в моем случае 1DDN. Были выбраны несколько групп атомов, в таблице представлено количество их контактов с данной нам ДНК.

Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 20 8 28
остатками фосфорной кислоты 15 2 17
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 66 0 68
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 1 0 1

Таблица 2: ДНК-контакты в структуре 1DDN.