Описание генома археи Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 | Учебный сайт Валяевой Анны

Описание генома археи Archaeoglobus fulgidus, штамм DSM 4304

Archaeoglobus fulgidus – первая сероокисляющая архея, чей геном был секвенирован полностью [1]. A.fulgidus – термофильный анаэроб, для которого оптимальной для роста температурой является 83°C. Эта архея обладает третьим типом архебактериальной РНК-полимеразы, ранее неизвестной, что свидетельствует об ее особом положении на филогенетическом древе архей. Также уточняется ее роль в формировании среды в нефтяных гидротермальных системах [2].

Геном археи Archaeoglobus fulgidus, штамм DSM 4304, состоит из одной хромосомы – из одной кольцевой молекулы ДНК. Запись о нем в базе данных RefSeq имеет идентификатор NC_000917. Длина генома составляет 2178400 пар нуклеотидов. В записи приведена последовательность одной из двух комплементарных цепей ДНК.

По данным из записи NC_000917, в геноме A.fulgidus, штамм DSM 4304, закодировано 2486 генов, из которых 2420 кодируют белки. 64 гена кодируют РНК, 2 являются псевдогенами.

Описание оперона АТФ-синтазы в геноме Archaeoglobus fulgidus, штамм DSM 4304

АТФ-синтаза – это белковый комплекс, состоящий из нескольких субъединиц, основной функцией которого является синтез молекул АТФ. На рисунке 1 представлено графическое изображение оперона АТФ-синтазы и его окружения в геноме A.fulgidus, штамм DSM 4304. Ген B-субъединицы АТФ-синтазы обозначен на рисунке как atpB. АТФ-синтаза археи A.fulgidus относится к V_OV₁-типу. Все гены оперона, кодирующие разные субъединицы АТФ-синтазы, расположены на прямой цепи; они описаны в таблице 1.

Рис. 1. Расположение генов в опероне АТФ-синтазы археи A.fulgidus, штамм DSM 4304. Приведен участок хромосомы с координатами 1033000.. 1047000. Ген atpB отмечен черной рамочкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI

Таблица 1. Характеристика генов оперона АТФ-синтазы организма Archaeoglobus fulgidus, штамм DSM 4304. Предыдущий ген (purD) расположен на обратной цепи, следующий (AF1169) - на прямой, они в таблицу не включены

Номер гена	Координаты гена в геноме	Идентификатор белка	Продукт гена по данным NCBI	Перевод названия продукта на русский язык
1	1034648..1034986	NP_069987.1	ATP synthase subunit E	E-субъединица АТФ-синтазы типа V_OV₁
2	1034979..1037009	NP_069988.1	V-type ATP synthase subunit I	I-субъединица АТФ-синтазы типа V_OV₁
3	1037037..1037264	NP_069989.1	H⁺-transporting ATP synthase subunit K	K-субъединица АТФ-синтазы типа V_OV₁, транспортирующая H⁺
4	1037266..1037448	NP_069990.1	hypothetical protein	Гипотетический белок
5	1037457..1037684	NP_069991.1	H⁺-transporting ATP synthase subunit K	K-субъединица АТФ-синтазы типа V_OV₁, транспортирующая H⁺
6	1037695..1038261	NP_069992.1	V-type ATP synthase subunit E	E-субъединица АТФ-синтазы типа V_OV₁
7	1038269..1039297	NP_069993.1	V-type ATP synthase subunit C	C-субъединица АТФ-синтазы типа V_OV₁
8	1039294..1039599	NP_069994.1	V-type ATP synthase subunit F	F-субъединица АТФ-синтазы типа V_OV₁
9	1039590..1041335	NP_069995.1	V-type ATP synthase subunit A	A-субъединица АТФ-синтазы типа V_OV₁
10	1041335..1042753	NP_069996.1	V-type ATP synthase subunit B	B-субъединица АТФ-синтазы типа V_OV₁
11	1042779..1043408	NP_069997.1	V-type ATP synthase subunit D	D-субъединица АТФ-синтазы типа V_OV₁

По данным таблицы 1 можно сделать вывод, что возможный оперон АТФ-синтазы археи A.fulgidus DSM 4304 состоит из 11 генов, 10 из которых кодируют субъединицы комплекса. О том, входит ли ген AF1169, расположенный на прямой цепи и кодирующий гипотетический белок, в оперон АТФ-синтазы, на данном этапе исследования сказать невозможно.

Источники: