Работа в BLAST

Поиск гомологов

Для поиска гомологов белка NP_070832.1 из A.fulgidus я воспользовалась сервисом Blast (Blastp - для поиска белковых последовательностей). На вход требовалась последовательность исходного белка в формате fasta. Первые девять находок показаны на рисунке 1. Стоит заметить, что первым в списке находок является исходный белок.

Рис. 1. Результаты поиска гомологов белка NP_070832.1 в Blast.

Пояснения к названиям колонок:
Description — название белка, организм
Max score — максимальный вес выравнивания одного фрагмента
Total score — полный вес выравнивания всех фрагментов
Query cover — процент покрытия исходной последовательности и белка-гомолога
E-value — вероятность того, что находка случайна
Ident — процент совпадения аминокислотных остатков
Accession — код доступа белка в базе Uniprot

В качестве гомолога я выбрала белок YP_003401436.1. Параметры выбранной находки представлены в таблице 1.

Таблица 1. Параметры находки №3 в Blast

Description	Max score	Total score	Query cover	E-value	Ident	Accession
TrmB family transcriptional regulator [Archaeoglobus profundus DSM 5631]	124	124	96%	3e-34	61%	YP_003401436.1

Рис. 2. Выравнивание исходного белка и гомолога.

Карта локального сходства

Далее с помощью Blast, подав две последовательности на вход, была построена карта локального сходства между белками NP_070832.1 и YP_003401436.1 (вкладка Dot Matrix View) - рисунок 3. По параметрам выравнивания последовательностей двух белков и по карте локально сходства можно судить о том, что эти два белка действительно гомологичны. Они оба принадлежат археям рода Archaeoglobus и выполняют функции регулятора транскрипции (для белка NP_070832.1 - предположительно, по некоторым данным).

Рис. 3. Карта локального сходства между белками NP_070832.1 и YP_003401436.1.

Гомологи из других таксонов

Среди находок не нашлось эукариотических гомологов. После того, как из результатов были исключены белки архей рода Archaeoglobus, в списке находок остались 93 белка.

Множественное "выравнивание"

Для множественного выравнивания были выбраны 11 находок белков организмов других родов (из предыдущего задания) и исходный белок. Результат "выравнивания" на рисунке 4. Консервативных колонок 26 (22,2%), функционально консервативных колонок 49 (41,9%).

Рис. 4. Множественное "выравнивание" последовательностей белков NP_070832.1 и 11 найденных. Изображение получено с помощью программы Jalview.