Работа в PSI-BLAST

Для работы в PSI-BLAST я случайным образом выбрала белок Q47404 из предложенных. Это гликозилтранфераза E.coli.

После каждой итерации в PSI-BLAST составляются две таблицы: с находками, E-value которых меньше чем порог (0,005), и с находками, E-value которых больше. Для последующих итераций используются находки из первой таблицы, сходные по функции (названию) и таксономии организма с исходным белком, с низким E-value, Identity не меньше 30% и Query cover не меньше 40%. Информация о четырех проведенных итерациях приведена в таблице 1.

Таблица 1. Итерации.

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	38	WP_024311923.1	3e-06	XP_008123320.1	1.2
2	40	WP_008763331.1	0.005	WP_009883280.1	0.014
3	39	WP_024497021.1	3e-08	WP_009883280.1	0.007
3	39	WP_024497021.1	3e-08	WP_009883280.1	0.007

Выравнивание 39 последовательностей гомологов представлено на рисунке 1.

Рис. 1. Множественное выравнивание найденных гомологов. Изображение получено с помощью программы Jalview.