Множественные выравнивания. Pfam

Для этого практикума нужно было выбрать с помощью Blast 7-8 гомологов своего белка (NP_070832.1). Я выбрала 8 гомологов, последовательности которых можно скачать здесь. Проект практикума - здесь.

С помощью программы muscle на сервере kodomo (команда: muscle -in pr13.fasta -out pr13_muscle.fasta) было построено выравнивание, которое можно увидеть на рисунке 1.

Рис. 1. Выравнивание гомологов с помощью программы muscle. Изображение получено с помощью программы Jalview.

Далее было построено выравнивание с помощью программы mafft на сервере kodomo (команда: mafft pr13.fasta > pr13_mafft.fasta). Оно изображено на рисунке 2.

Рис. 2. Выравнивание гомологов с помощью программы mafft. Изображение получено с помощью программы Jalview.

Совмещение двух получившихся выравниваний было осуществлено вручную в Jalview (рисунок 3) и с помощью программы muscle на сервере kodomo (команда muscle -profile -in1 pr13_muscle.fasta -in2 pr13_mafft.fasta -out pr13_mm.fasta) - рисунок 4. Как видно из рисунков 3 и 4, выравнивания оказались идентичными. Вероятно, это произошло из-за высокой гомологичности белков, которая позволяет построить только одно выравнивание с большим весом.

Рис. 3. Совмещение выравниваний 1 и 2 вручную. Изображение получено с помощью программы Jalview.

Рис. 4. Совмещение выравниваний 1 и 2 с помощью программы muscle. Изображение получено с помощью программы Jalview.

Чтобы узнать домены каких семейств встречаются в белке NP_070832.1 я использовала поиск по последовательности на сайте Pfam. Оказалось, что в моем белке присутствует домен TrmB - домен семейства регуляторов транскрипции. Seed-выравнивание семейства можно посмотреть в формате fasta или на рисунке 5.

Рис. 5. Seed-выравнивание семейства регуляторов транскрипции TrmB. Изображение получено с помощью программы Jalview.