Мотивы. MEME. Prosite

Мотив - консервативный участок последовательностей, который свидетельствует о гомологии данных белков или о сходстве их структур или функций. Сильным паттерном явлется тот, по которому находятся только гомологичные последовательности, слабый - тот, по которому находятся все мотивы.

Для поиска мотивов в последовательностях белков-гомологов белка NP_070832.1 (fasta-файл) я использовала сервис сайта Prosite. В одной из последовательностей нашелся мотив IRIYKLLLE. Для этого мотива были построены
сильный паттерн: [VLI]-[RKEM]-[LIV]-Y-[SKRQ]-L(2)-[LVI]-[EQ], по которому нашлась 101 послодовательность (из них 1 в базе данных SwissProt, 100 - в TrEMBL),
и слабый паттерн: [VLI]-x-[LIV]-Y-x-L(2)-[LIV]-[EQ], по которому нашлось 3396 последователностей (из них 86 в базе данных SwissProt, 3310 - в TrEMBL).

На рисунке 1 представлено выравнивание с мотивом, по которому строился паттерн. Проект выравнивания можно скачать здесь.

Рис. 1. Выравнивание гомологов. Мотив обведен черной рамочкой. Изображение получено с помощью программы Jalview.