Учебный сайт Валяевой Анны
Общий вид структуры белка регулятора транскрипции HTH-типа (putative HTH transcription regulator; идентификатор PDB 1SFX) из археи Archaeoglobus fulgidus
На рисунке 1 представлено изображение техмерной структуры белка putative HTH transcription regulator (идентификатор PDB 1SFX) из археи Archaeoglobus fulgidus, полученное в программе Jmol. Jmol - программа, позволяющая просматривать и редактировать трехмерные изображения биомолекул.
Рис. 1. Трехмерная структура белка с идентификатором 1SFX из археи Archaeoglobus fulgidus. Изображение получено с помощью программы Jmol.
Малиновым и сиреневым раскрашены α-спирали цепей A и B соответственно, бордовым и фиолетовым изображены β-листы A и B цепей соответственно. Светло-серыми выглядят участки, не имеющие третичной структуры. Молекулы воды изображены в виде маленьких красных шариков, ионы хлора - зеленые шарики, молекулы селенметионина и этиленгликоля имеют стандартную cpk раскраску.
Для того, чтобы получить такое изображение, можно воспользоваться следующим скриптом:
load 1SFX.pdb
cartoons off
cpk off
wireframe off
select *A or *B
cartoons
select *A and helix
color [204, 0, 102]
select *B and helix
color [204, 102, 204]
select *A and sheet
color [102, 0, 51]
select *B and sheet
color [102, 0, 153]
select HOH
color [255, 0, 0]
cpk 80
select ligand
cpk 100
wireframe 60
background [230,240,250]
center
rotate Y 100
zoom 90
В таблицах 1 и 2 приведена информация о структуре описываемого белка, полученная из pdb-файла, на английском и русском языках соответственно.
Таблица 1. Информация о трехмерной структуре белка putative HTH transcription regulator (идентификатор PDB 1SFX) из археи Archaeoglobus fulgidus
| Поле | Значение |
| title | x-ray crystal structure of putative hth transcription regulator from Archaeoglobus fulgidus |
| compnd | mol_id: 1 molecule: conserved hypothetical protein af2008; chain: a, b; engineered: yes |
| source | organism_scientific: Archaeoglobus fulgidus |
| expdta | x-ray diffraction |
| remark 2 | resolution. 1.55 angstroms |
| hetnam | mse selenomethionine cl chloride ion edo 1,2-ethanediol |
| formul | mse 5(c5 h11 n o2 se) cl 3(cl 1-) edo 3(c2 h6 o2) hoh *397(h2 o) |
Таблица 2. Перевод информации о трехмерной структуре белка putative HTH transcription regulator (идентификатор PDB 1SFX) из археи Archaeoglobus fulgidus
| Поле | Значение |
| Название | рентгеновская кристаллическая структура предполагаемого регулятора транскрипции археи Archaeoglobus fulgidus |
| Информация о молекулах | mol_id: 1 консервативный гипотетический белок локуса AF2008; есть две цепи: A и B; спроектирован |
| Источник | организм Archaeoglobus fulgidus |
| Метод | рентгеноструктурный анализ разрешение 1.55 ангстрем |
| Малые молекулы | селенметионин C5H11NO2Se этиленгликоль C2H6O2 хлорид-ионы Cl- вода H2O |
Приведенные в таблице 1 данные получены из файла 1SFX.pdb при помощи интерпретатора командной строки bash, используя команду egrep "^TITLE|ORGANISM_SCIENTIFIC|^COMPND|^HETNAM|^FORMUL|^EXPDTA|REMARK 2" 1SFX.pdb | tr [A-Z] [a-z] > Valyaeva_pr2.txt.
Сравнение строения белка с его биологической единицей
На рис. 2 изображены структура белка (1) и его двух биологических единиц (2 и 3). Биологическая единица представляет собой функциональную форму белка. Как можно увидеть на рис. 2, структуры белка его биологичской единицы 1 идентичны, а биологическая единица 2 представляет собой димер - она состоит из двух молекул, по своей структуре идентичных белку и биологческой единице 1.
Рис. 2. Сравнение трехмерных структур белка с двумя биологическими единицами. Изображения получены с помощью программы Jmol.
Дата последнего обновления: 24.03.14
©Валяева Анна