Внутримолекулярные взаимодействия боковых цепей в белке регуляторе транскрипции HTH-типа (идентификатор PDB 1SFX) из археи A.fulgidus

Внутримолекулярные взаимодействия боковых цепей в белке регуляторе транскрипции HTH-типа (идентификатор PDB 1SFX) из археи Archaeoglobus fulgidus

Солевые мостики

Солевой мостик - связь между положтельно и отрицательно заряженными аминокислотными радикалами, обусловленная возникновением электростатических взаимодейсвий и водородных связей. Солевые мостики участвуют в формировании третичной структуры белка. На рисунке 1 представлено изображение всех возможных солевых мостиков в белке регуляторе транскрипции HTH-типа (идентификатор PDB 1SFX). Изображение получено с помощью скрипта atom-types.spt и команд Jmol:

select within (GROUP, within (3.5, hbpositive) and hbnegative) 
   or within (GROUP, within (3.5, hbnegative) and hbpositive)

Рис. 1. Солевые мостики в белке регуляторе транскрипции HTH-типа (идентификатор PDB 1SFX). Изображение получено с помощью программы Jmol.

На рисунке 2 представлено детальное изображение солевого мостика между карбоксильной группой Glu101 из цепи B и аминогруппой Lys90 цепи A.

Солевой мостик между Glu101 цепи B и Lys90 цепи A в белке 1SFX

Рис. 2. Солевой мостик между Glu101 цепи B и Lys90 цепи A в белке регуляторе транскрипции HTH-типа (идентификатор PDB 1SFX). Изображение получено с помощью программы Jmol.

Водородная связь, не являющаяся солевым мостиком

На рисунке 3 изображена водородная связь между аминогруппой Arg65 и гидроксигруппой Tyr77 в цепи B. Азот Arg65 является донором протона, кислород Tyr77 - акцептором.

Рис. 3. Водородная связь между Arg65 и Tyr77 цепи B в белке регуляторе транскрипции HTH-типа (идентификатор PDB 1SFX). Изображение получено с помощью программы Jmol.

Дисудьфидный мостик между цистеинами

Дисульфидные мостики, образующиеся между радикалами цистеинов, играют важную роль в формировании вторичной структуры белка. Они скрепляют прочными ковалентными связями разные участки одной цепи или разные цепи белка. В белке 1SFX дисульфидных мостиков нет, поэтому рассмотрим этот вид взаимодействий между радикалами на примере инсулина (идентификатор PDB 4FG3).

На рисунке 4 изображен дисульфидный мостик между Cys6 и Cys11 цепи C. Атомы серы покрашены в желтый цвет, на рисунке приведено расстояние между атомами серы и значения углов, характеризующих дисульфидную связь.

Рис. 4. Дисульфидный мостик между Cys6 и Cys11 цепи C в инсулине человека (идентификатор PDB 4FG3). Изображение получено с помощью программы Jmol.