Гидрофобные взаимодействия и гидрофобные кластеры в белке регуляторе транскрипции HTH-типа (идентификатор PDB 1SFX) из археи A.fulgidus

Гидрофобные взаимодействия и гидрофобные кластеры в белке регуляторе транскрипции HTH-типа (идентификатор PDB 1SFX) из археи Archaeoglobus fulgidus

Гидрофобные взаимодействия играют важную роль в образовании третичной структуры белка. В них участвуют радикалы алифатических и ароматических аминокислот.

Для визуализации гидрофобных взаимодействий и кластеров я использовала скрипт atom-types.spt, который определял атомы C и S алифатических и ароматических аминокислотных остатков, и команды Jmol. Результат показан на рисунке 1. Гидрофобных кластеров выделить не удалось.

Рис. 1. Гидрофобные группы атомов в белке регуляторе транскрипции HTH-типа (идентификатор PDB 1SFX). Изображение получено с помощью программы Jmol.