Взаимодействие белка регулятора транскрипции HTH-типа с лигандом хлорид-ионом

Хлорид-ион в структуре белка регулятора транскрипции HTH-типа (идентификатор 1SFX)

В структуре белка регулятора транскрипции HTH-типа с идентификатором 1SFX два типа лигандов - хлорид-ионы (CHLORIDE ION, CL) и молекулы этиленгликоля (1,2-ETHANEDIOL, EDO). О предполагаемых функциях этих лигандов ничего сказать нельзя, так как статьи, содержащкй эту информацию, найти не удалось.

На рисунке 1 изображена пространственная структура белка с выделенными лигандами. Ионы хлора раскрашены зеленым цветом, молекулы этиленгликоля выполнены в проволочной модели со стандартной раскраской cpk.

Трехмерная структура белка с идентификатором 1SFX археи Archaeoglobus fulgidus

Рис. 1. Трехмерная структура белка с идентификатором 1SFX из археи Archaeoglobus fulgidus. Изображение получено с помощью программы Jmol.

Область контакта с лигандом (Cl501) в структуре белка регулятора транскрипции HTH-типа (идентификатор 1SFX)

Для описания взаимодествия белка с лигандом я выбрала в качестве лиганда один из хлорид-анионов. Из pdb-файла я узнала, что Cl501 образует активный центр с тремя аминокислотами из цепи A: Lys18, Pro19, Ser20. На рисунке 2 детально изображен активный центр хлорид-иона. Хлорид изображен как зеленый шарик, аминокислоты, входящие в активный центр, выполнены в проволочной модели со стандартной раскраской cpk. α-спираль, в которую включены выделенные аминокислоты, изображена в виде розовой ленты.

Рис. 2. Область контакта с лигандом (Cl501) в структуре белка регулятора транскрипции HTH-типа (идентификатор 1SFX). Изображение получено с помощью программы Jmol.

Для получения детального изображения области контакта с хлорид-ионом Cl501, я использовала команды Jmol, приведенные в этом скрипте.