Совмещение структур белков

Для поиска и совмещения полипептидных цепей я пользовалась сервисом PDBeFold. В процессе поиска было просмотрено 97398 pdb-файлов и 251940 цепочек, в результате была найдена 21 находка.

Для сравнения структур я выбрала цепь A белка с идентификатором 2esh (2esh:A, находка №7). Параметры выбранной находки перечислены в таблице 1.

Таблица 1. Параметры находки 2esh:A

Поле	Значение
Match PDB код и цепочка каждой находки	2esh:A
Title название структуры с находкой	CRYSTAL STRUCTURE OF CONSERVED PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION TM0937- A POTENTIAL TRANSCRIPTIONAL FACTOR
N_align число сопоставленных C_alpha атомов во входной цепочке и в находке	61
RMSD мера сходства структур	1.48
%seq процент совпадающих аминокислотных остатков среди всех сопоставленных	21%
N_g число гэпов	3
Query %sse процент сопоставленных элементов вторичной структуры во входной структуре	83%
Match %sse процент сопоставленных элементов вторичной структуры в находке	83%

Функция выбранного белка из бактерии Thermotoga maritima MSB8 окончательно не известна, предположительно это транскрипционный фактор. Сравниваемые белки принадлежат видам разных доменов: исходный белок принадлежит архее, выбранный в результате поиска - бактерии. Однако условия, в которых обитают эти два организма, оказались сходными. Оба организма - виды-термофилы, которые имеют определенные адаптации к условиям существования в гидротермальных источниках. Среди этих адаптаций может быть и специфичная структура транскрипционных факторов и регуляторов, приспособленных под функционирование при высоких температурах.

На рисунке 1 представлено изображение, полученное при совмещении участков полипептидных цепей белков 1sfx:B и 2esh:A. Фиолетовым цветом раскрашен остов цепи B белка 1sfx, малиновым - цепь A белка 2esh, голубым и светло-оранжевым обозначено расхождение между цепями B белка 1sfx и A белка 2esh соответственно. В шариковой модели показаны С-α атомы обеих цепей, находящиеся друг от друга на расстоянии не более 1,5 ангстрем.

Рис. 1. Совмещение структур 1sfx:B и 2esh:A. Изображение получено с помощью программы Jmol.

Вполне вероятно, что сравниваемые белки выполняют схожие функции. Об этом можно судить по совмещению их структур.